阿笠博士帶著少年偵探團(tuán)到深山里挖竹筍的時候，車子突然出現(xiàn)故障，柯南等人被迫留在深山之中。為了避雨而來到這里別墅區(qū)的少年偵探團(tuán)被一陣鋼琴聲所吸引，于是，大伙兒進(jìn)入這棟別墅，雖然這里有人生活的痕跡卻沒有看到半個人影，而且留在現(xiàn)場的日記還寫著可怕的內(nèi)容，之后大家決定找出日記中出現(xiàn)的被綁架男孩，這時，屋內(nèi)突然停電，伴隨著少年偵探團(tuán)的恐慌鋼琴聲再次響起。

柯南用變聲領(lǐng)結(jié)將其中一名搶匪引到廁所并和大家一起將他制服，根據(jù)茱蒂老師提供的線索即搶匪注重時間以及讓認(rèn)識的人互相捆綁這兩點，柯南推斷出了搶匪的目的以及他們的逃跑計劃，于是，少年偵探團(tuán)在柯南的指揮下相互配合，爭分奪秒的把即將爆炸的炸彈送進(jìn)電梯里，之后，柯南又將計就計把混在人質(zhì)中剩下的三名人質(zhì)揪了出來，本以為一切就此結(jié)束，沒想到……

游戲公司社長的恩田和美遭到兇手槍擊身亡，小流氓大嶺良介涉嫌重大因此被通緝，他在購物中心劫持一名少女作為人質(zhì)正打算逃跑時，被柯南發(fā)現(xiàn)，他成功救出了女孩但自己卻成為了新人質(zhì)，大嶺驅(qū)車擺脫了警方的追擊，帶柯南來到一處地下室躲藏，期間，柯南試圖逃跑卻遭到不明人士的槍襲，所幸大嶺出手相救，柯南開始懷疑這個為自己負(fù)傷的人是否真的是殺人犯，或許這起殺人案的背后還隱藏著不可告人的內(nèi)幕！

警方在將這三個嫌疑人分開偵訊之后，又在死者的包里發(fā)現(xiàn)了一把手槍和強盜集團(tuán)百鬼夜行留下的字條，并從小島權(quán)作的秘書那里得知，他舉辦此次活動是為了尋找殺死自己愛犬的同叫小島的強盜頭目，于是柯南利用與死者相同的方法找出兇手，雖然證據(jù)被銷毀，但他巧施妙計讓兇手自己主動承認(rèn)了罪行。

在警方對三名嫌疑人進(jìn)行偵訊時，他們?nèi)朔炊嗷ブ肛?zé)并揭露對方的犯案動機，這時，有人在更衣室內(nèi)發(fā)現(xiàn)了一個空瓶子，另外在湖面上還有漂浮的火柴棒，為了弄清真相，警方又找來工作人員進(jìn)行對峙，然而，他們卻表示并未發(fā)現(xiàn)異樣，期間，女主演深汐的一句話點醒了柯南，在他的引導(dǎo)下，大家得知一整夜都呆在溫泉里的人并不是兇手而是死者本人，那么，兇手到底是誰？在他的身上又有怎樣的關(guān)鍵性證據(jù)？