少年偵探團(tuán)對(duì)于賈斯丁的事件還是非常在意，偷偷溜出來(lái)的他們和柯南一起展開(kāi)了調(diào)查，聰明的賈斯丁并沒(méi)有坐以待斃，顯眼的他四處留下關(guān)于自己的信息，而柯南根據(jù)這些信息終于找到了他。犯人終于被捕，但事件卻還沒(méi)有結(jié)束，熊紋公司的社員井上先生有著太多的疑點(diǎn)，柯南能感覺(jué)到這件事情還不止這么簡(jiǎn)單。

帶走柯南的女子真名是蒲川情奈，她是被三名強(qiáng)盜殺害的銀行員賢也的女友，為了替賢也復(fù)仇的她一再犯下罪行。同一時(shí)間小五郎等人借助安室的推理逐漸逼近事件的真相，并馬上前往最后一位搶劫犯的住處，另外阿笠博士和世良等人也趕了過(guò)來(lái)，而柯南已經(jīng)跟著情奈前往可能是最后一位搶匪的三位女性那里。

新印象公司旗下的業(yè)務(wù)員們發(fā)生不斷遭人襲擊重傷的案件，犯人甚至脅迫新印象公司的社長(zhǎng)要求支付現(xiàn)金，隨后犯人進(jìn)一步指明交付現(xiàn)金的必須是毛利小五郎，而警方還不知道犯人會(huì)以什么樣的方式接受現(xiàn)金。犯人利用電磁鐵取走現(xiàn)金的手法已被破解，而嫌疑人西澤也浮出水面，在小蘭和柯南前往西澤家調(diào)查時(shí)卻看到了他的尸體。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請(qǐng)下，少年偵探團(tuán)的眾人來(lái)到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機(jī)關(guān)，而沒(méi)有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們?cè)谡∷奶巺⒂^時(shí)突然聽(tīng)到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見(jiàn)了蹤影。

通過(guò)大和警官對(duì)若松社長(zhǎng)死訊的調(diào)查，已經(jīng)被毒殺的玉郎便是殺害自己父親若松的兇手，這使案件更加撲朔迷離，柯南和服部一方面拜托高木警官改變方向調(diào)查仰慕若松社長(zhǎng)的人，一方面開(kāi)始調(diào)查玉郎中毒的原因。找到玉郎中毒原因的柯南和服部把目標(biāo)鎖定在大家的拖鞋上，唯一沒(méi)被檢查的社長(zhǎng)夫人卻死在了自己的房間里。