最近一連串的事件牽扯出了根的殘黨，佐井在秘密研究所找到了線索。與此同時，早已清楚真正犯人是誰的巳月向博人透漏了消息，但博人卻怎么也不愿相信，因為操縱暗影的竟然是他們的班長堇。在遭到佐井抓捕時堇召喚出了鵺，狂暴的鵺勢必會給村子帶來災難性的打擊，巳月接到的任務是殺掉堇從而停止鵺的活動，面對這種局面博人又會做出怎樣的選擇？

幽靈事件解決后博人的神秘力量就再也沒有發動過，但他更擔心的是班長堇的現狀。校舍接近完工，志乃老師讓大家重新組隊進行實戰訓練，這是為了讓同學們多做嘗試，借此找到畢業后能夠一起組隊的同伴，這個時候大家都想起了缺席的堇。堇現在的狀況非常尷尬，要不要回到學校還得看她本人的意愿，為此志乃親自去探望了堇。

桃園結義

長坂坡

佐助等人朝著信的巢穴前進，途中他們遭到了眾多克隆體的攻擊，雖是克隆體但鳴人并沒打算下重手，在鳴人壓制克隆體時佐助與佐良娜先行一步援助小櫻。確定信沒有同伙后小櫻展開了攻勢，在和佐助匯合后信被完全壓制，所有的克隆體全部集中到了信的周圍，但他們做的第一件事竟然是殺死了信，在信不知道的情況下克隆體們實施著自己的計劃。