柯南從無人機(jī)上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時(shí)候佐藤警官打來電話，她稱發(fā)現(xiàn)了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協(xié)力制服了犯人，但手提包內(nèi)的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術(shù)館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？

千葉警官在警局四處詢問有關(guān)“不明飛行物”的線索，卻毫無所獲，這天他回到家，收到了聲稱是自己宇宙第一大粉絲的人寄來的神秘郵件。在另一邊，名為和田陽奈的女高中生來到毛利事務(wù)所，委托小五郎調(diào)查杯戶公園“UFO”一事。杯戶公園隔壁的杯戶高中發(fā)生殺人案件，這兩者是否有聯(lián)系？

綾乃在休息日應(yīng)邀來到了美冬家，誰知在門口時(shí)卻聽到了屋內(nèi)的爭吵聲以及美冬的慘叫，終于打開門的綾乃只看到了美冬的尸體和房內(nèi)凌亂的腳印。匆忙逃命的綾乃在路口撞上了柯南和毛利并帶他們來到了案發(fā)地，而當(dāng)柯南他們順著屋內(nèi)遺留的線索找到“兇手”田端時(shí)卻發(fā)現(xiàn)對方竟然已經(jīng)死亡。

7年前杯戶街上發(fā)生了一起搶劫殺人案，案件當(dāng)時(shí)只有一個(gè)目擊證人，那就是5歲的小女孩友里未央奈。7年后小五郎帶著蘭和柯南一起來到鳩笛莊度假，友里未央奈正是鳩笛莊女主人的女兒。來度假的客人井出正也無意間談起了7年前很熱門的特?cái)z劇彗星假面超人比恩，這讓友里未央奈陷入了恐慌之中，因?yàn)楫?dāng)年那起搶劫殺人案的犯人戴的就是假面超人比恩的面具。

柯南和平次傳來歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動(dòng)要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時(shí)樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內(nèi)，待柯南等人趕到時(shí)已經(jīng)喪命。經(jīng)過一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。