小五郎受浦生良造的委托幫忙找能夠證明他清白的目擊證人，本以為小事一樁，沒想到出乎意料的困難。幾日之后，浦生良造的遺體被人發(fā)現(xiàn)，因?yàn)槲迥昵八羞^含冤被抓的經(jīng)歷，因此不愿再次承受這樣痛苦的他選擇了自殺，然而，小五郎認(rèn)為這是一起他殺事件，于是他聯(lián)手老友竹岡一起調(diào)查。之后，他們找到了死者的外甥京介并將他鎖定為嫌疑人，可是次日京介就死在了家里，與此同時也找到了他的不在場證明，小五郎認(rèn)為這都是自己所造成的結(jié)果，于是決定摘掉事務(wù)所的招牌。

小五郎一行人駕車來到杯戶中央橋卻并沒有任何發(fā)現(xiàn)，這時，園子突然打來電話，小蘭從園子那里得知了板垣樂隊(duì)的標(biāo)志正是釘子，于是一行人又來到了附近的紋身店，并從顧客所留的照片中將嫌疑鎖定在三個身上，如今有關(guān)鋸子和釘子的線索都得到了解釋，那目擊者所看到的錘子又是什么呢？注意到對面的大樓后，柯南知道所謂的錘子，在他的提示下小五郎找到了兇手。回家路上，柯南洞察到了本堂瑛佑的意圖，他到底是什么人？

最有可能犯案的就是第一個沖進(jìn)房間的染井社長，于是，高木打電話給公司，其中有同事表示曾在案發(fā)時間見過染井出入藥店，而這件事也從藥店員工那里得到了證實(shí)，這無疑是染井?dāng)[脫嫌疑的最好證明，可他為何只字不提？之后，柯南又注意到了桌子上的蛋糕，在他的提醒下，高木還原了被偽裝的案發(fā)現(xiàn)場，事已至此，染井主動承認(rèn)自己的罪行，但柯南卻指出兇手另有其人。

園子的叔叔次郎吉因?yàn)樽ゲ坏交露肇瑝衾p身，于是，他再次策劃了基德抓捕計(jì)劃，這次他以寶石涼鞋“紫色指甲”為誘餌，并將展示臺設(shè)在基德不能使用滑翔翼的銀座正中央地面上，在粉絲們的期待下基德出現(xiàn)并成功拿到寶石，就在這時，四個路口被巨大的網(wǎng)子隔開，猶如籠中鳥的基德從容不迫，放出煙霧后瞬間移動到了30公尺高的大樓，因?yàn)槠渲幸活w寶石是贗品，于是他宣布自己次日還會再來。

在FBI制定作戰(zhàn)計(jì)劃的同時黑暗組織就已經(jīng)展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫(yī)院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫(yī)院陸續(xù)出現(xiàn)送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫(yī)院爆炸，后果不堪設(shè)想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？