某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來(lái)到山里采集昆蟲(chóng)，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲(chóng)、家、帳篷”沒(méi)想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說(shuō)她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見(jiàn)山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

當(dāng)阿笠博士滿(mǎn)懷期待得走向那位女性時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)這個(gè)人竟然是男扮女裝而且還是自己的舊識(shí)，再次認(rèn)錯(cuò)人不禁讓這群孩子們大失所望，于是大家決定利用動(dòng)物園的廣播站尋人，可依舊沒(méi)有回應(yīng)，難道博士又要與自己的初戀情人擦肩而過(guò)？這時(shí)，博士的回憶隱約浮現(xiàn)，柯南根據(jù)博士的說(shuō)辭，破解暗號(hào)，來(lái)到了相約之地……

去趕海的柯南和小哀，阿笠博士和少年偵探團(tuán)的各位，在那兒結(jié)識(shí)了悶悶不樂(lè)的大學(xué)生牛込嗣夫。后來(lái)，牛込迂的社團(tuán)成員三瀨隆、八島光枝、久津梢子買(mǎi)東西回來(lái)。路上4人的神情十分奇怪、一吃完午飯便回去了。之后，柯南留意到牛込忘了拿耙子，當(dāng)元太等人吧耙子送去給牛込趕到停車(chē)場(chǎng)時(shí)時(shí)卻發(fā)現(xiàn)了牛込已經(jīng)死在車(chē)內(nèi)！

不忍看到和葉為解死亡訊息焦急流淚，于是，服部在與柯南的對(duì)話中有意的透露一些提示，所幸和葉一點(diǎn)就通明白了其中的奧秘。另一邊，警方叫來(lái)最先發(fā)現(xiàn)尸體的四人，并一一做了偵訊發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都心懷鬼胎有殺人的動(dòng)機(jī)，而柯南和服部也沒(méi)有停止尋找真兇，就在二人找到新的線索時(shí)，和葉突然大呼自己知道誰(shuí)是兇手。

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫(xiě)有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來(lái)小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來(lái)等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過(guò)商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開(kāi)這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？