柯南和平次傳來歷史學(xué)家的死訊，眾人陷入恐慌，并認(rèn)為是怪物鵺在作怪。平次吩咐大家各自回房不要出門，考古學(xué)家主動要求與小蘭交換房間。眾人回房后，柯南與平次在院子里和村長詢問細(xì)節(jié)，院子卻突然再次著火，與此同時樓上的考古學(xué)家似被不明物體擊中，慘叫一聲后倒在房內(nèi)，待柯南等人趕到時已經(jīng)喪命。經(jīng)過一番調(diào)查和推理，柯南和平次似乎有些眉目，而那只被大家遺忘在家中的狗突然引起了二人的注意。

平次與和葉邀請小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準(zhǔn)備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒有生命危險，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過血跡找到真兇，萬萬沒想到店內(nèi)的幾個客人身上均未發(fā)現(xiàn)血跡。正當(dāng)案件調(diào)查一籌莫展時，店內(nèi)一名自稱和田進(jìn)一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。

毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說有天狗出沒的山里玩，路遇鄉(xiāng)土學(xué)者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點參觀，卻意外撞到鎮(zhèn)長帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮(zhèn)長為何要扮成天狗？他自殺的動機(jī)又是什么？

柯南醒來后發(fā)現(xiàn)自己身在一個狹小黑暗的空間里，眼睛漸漸習(xí)慣后他才發(fā)現(xiàn)自己被困在了棺材里，能聽到風(fēng)聲這一點證明他還沒被埋起來，暈倒前的一幕幕也漸漸想了起來。毛利小五郎最近接到了一起案子，律師事務(wù)所保險柜被撬，存放在里面的遺囑不見了，這是過世的塘橋集團(tuán)會長的遺囑，這件事與柯南的遭遇是否有聯(lián)系呢？

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經(jīng)營舊書店的事感到很不滿，爭執(zhí)中眾人不歡而散。在光彥的帶領(lǐng)下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準(zhǔn)備觀看蒸汽機(jī)車發(fā)動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當(dāng)眾人與蒸汽機(jī)車合影完畢返回書店時，卻發(fā)現(xiàn)裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……