柯南、小蘭、小五郎在吃完法國(guó)料理后回家的路上，碰巧看到了在西須三田車站的吵架現(xiàn)場(chǎng)。而之后那個(gè)中年男子在爭(zhēng)斗中從站臺(tái)掉下下去當(dāng)場(chǎng)死亡。根據(jù)目擊者以及當(dāng)事人的證詞警方都認(rèn)定是意外，但只有柯南注意到了隱藏在意外背后的不自然的地方，而在調(diào)查了犯罪現(xiàn)場(chǎng)后柯南終于揭開了案件的真相。而兇手也承認(rèn)了因?yàn)榕笥延龅杰嚨湺鴪?bào)復(fù)殺人的事實(shí)。

某個(gè)星期日，柯南和小五郎在樓下喝咖啡的時(shí)候，從店員阿紫那里聽到了一件奇怪的事情，一位客人用完餐之后將手機(jī)落在了店里，期間，阿紫曾接到過三通電話，最奇怪的就是最后一次，柯南和小五郎查看手機(jī)，發(fā)現(xiàn)這里面所存的號(hào)碼和名字全部都是虛假的，就在二人毫無頭緒的時(shí)候，由美拿著這家店的發(fā)票找到這里，而這些發(fā)票的持有者正是手機(jī)的主人，由美說這個(gè)人已經(jīng)出車禍死亡，為了調(diào)查事情的真相，柯南建議給電訊公司打電話查詢。

柯南、小蘭與小五郎因車子沒油了，得到木山家具社長(zhǎng)馬島的款待。社長(zhǎng)家的宅院每天會(huì)流三次水的組合石庭。在去客廳的途中眾人偶遇馬島與下屬發(fā)生沖突的一面。這天木山家具為了紀(jì)念1號(hào)店，聚集了眾多相關(guān)者開宴會(huì)。而從設(shè)計(jì)石庭的前社長(zhǎng)的兒子、木山智則開始，出席者仿佛都記恨馬島。清晨突然發(fā)現(xiàn)馬島社長(zhǎng)死在了石庭的中央！

柯南和小蘭跟著小五郎來到關(guān)門海峽，還在這里認(rèn)識(shí)四個(gè)高中時(shí)代就是同學(xué)的年輕人，沒想到第二天，他們的另外一名高中同學(xué)真尾被人發(fā)現(xiàn)橫尸關(guān)門橋下，起初警方懷疑兇手就在與死者見過面的那四名同學(xué)中，然而他們都有不在場(chǎng)證明，偵訊過后四個(gè)人都擺脫了嫌疑，但柯南卻發(fā)現(xiàn)了破綻。

參加網(wǎng)球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內(nèi)觀光的途中，園子撿到一部手機(jī)。手機(jī)的畫面上是“想要遇見那個(gè)孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機(jī)出現(xiàn)在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險(xiǎn)談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進(jìn)行調(diào)查決心已定要組織這場(chǎng)謀殺！