放學(xué)后，光彥一伙兒聚在一起研究寬波段接受器時(shí)，無意中接聽到了一個(gè)綁架恐嚇電話，大家都很擔(dān)心這個(gè)被綁架的女孩性命，便決定根據(jù)這通電話找到女孩，柯南根據(jù)歹徒陸續(xù)打給女孩爸爸的電話，和伙伴們一步步找到了被害人和歹徒的位置，成功解救人質(zhì)。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時(shí)撿到了一張畫有奇怪符號(hào)的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號(hào)，按照符號(hào)的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時(shí)候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號(hào)的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號(hào)嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？

柯南和小伙伴們在河里抓魚時(shí)，發(fā)現(xiàn)對(duì)面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對(duì)面的樓頂找到了留有3135134162數(shù)字的計(jì)算器，之后柯南便對(duì)著這些數(shù)字苦思冥想，認(rèn)為求救者留下的162就是指162國道，找到相應(yīng)的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識(shí)到了暗號(hào)的真正含義。

小五郎錄制全日本偵探社的錄制節(jié)目時(shí)，制作人諏訪被射殺，主持人松尾的嫌疑最大，因?yàn)樗巧鋼舾呤郑⑶宜诓シ艂商蕉唐乃姆昼妰?nèi)離開過攝影棚，但柯南怎么也想不明白，他是如何在這么短的時(shí)間內(nèi)往返于九樓和四樓之間，在了解了大樓構(gòu)造后，柯南終于明白了兇手的伎倆，他麻醉了小五郎并借來攝像機(jī)，向全國實(shí)況轉(zhuǎn)播了小五郎的推理秀。

柯南、小五郎和小蘭驅(qū)車去北海道看丹頂鶴，偶然認(rèn)識(shí)了飼養(yǎng)丹頂鶴的大伯，他邀請(qǐng)柯南他們?nèi)プ约杭胰胱。蟛牡艿馨⒈崆檎写麄儯驮谶@個(gè)時(shí)候大伯的兒子阿浩和女兒則子為財(cái)產(chǎn)的事兒而來。之后，柯南等人一起去泡了溫泉，回到屋子的時(shí)候發(fā)現(xiàn)大伯被人用十字弓射殺，而阿浩則跑去警局自首，但柯南依據(jù)自己對(duì)現(xiàn)場的勘查認(rèn)為兇手另有其人。