少年偵探團(tuán)因成功抓捕強(qiáng)盜而大出風(fēng)頭，某日，大家一起外出的時(shí)候，步美被一輛急駛而過的紅色轎車撞傷，柯南用滑板載著光彥和元太一起去追肇事車輛，奇怪的是，每到轉(zhuǎn)角車子都會(huì)停下來，好像故意等他們一樣，當(dāng)柯南等人追到石倉(cāng)工廠時(shí)，車子不見蹤影，之后，車子有突然出現(xiàn)并一路駛向警察局，沒過得多久，柯南等人得知石倉(cāng)工廠發(fā)生了命案……

柯南用自己的方式證實(shí)了義房身份并未偽造，經(jīng)過院子的時(shí)候，廣美和有希子談起了15年前自己母親從這里落井死亡的事，突然，柯南看到了木門那邊有個(gè)可疑人影。當(dāng)晚，大家輪流洗澡時(shí)，去外面加柴的廣美發(fā)出叫聲，她看到了可疑人影，并在古井發(fā)現(xiàn)了二媽真知子的尸體，而家里的汽車也莫名被停到了森林。這時(shí)，藪內(nèi)家的律師趕來宣讀遺囑，期間，義房差點(diǎn)被人蓄意設(shè)計(jì)的十字弓殺死。

小五郎曾教過的學(xué)生崎園惠在自己的娘家碰到了一起車子被人安裝炸彈而被引爆的案件，在爆炸中喪命的人是小惠的妹妹寬美，她在代替不會(huì)倒車的姐姐小惠倒車出庫(kù)的時(shí)候慘遭意外，警方一開始懷疑嫌犯是個(gè)叫高橋的人，認(rèn)為這個(gè)人和小惠的先生和夫共同籌劃了交換殺人計(jì)劃，原本企圖殺害小惠，沒想到卻誤殺了寬美，就在他們俯首認(rèn)罪，事情告一段落的時(shí)候，柯南注意到了小惠。

元旦當(dāng)天，少年偵探團(tuán)一起到國(guó)立競(jìng)技場(chǎng)看足球決賽，卻看到l了足球被槍射中，這時(shí)，正在為天皇杯決賽進(jìn)行轉(zhuǎn)播的日賣電視臺(tái)，接到了歹徒索要五千萬元的恐嚇電話，如果讓他發(fā)現(xiàn)比賽中止讓觀眾撤離的狀況，他將立刻對(duì)場(chǎng)內(nèi)的觀眾進(jìn)行掃射，電視臺(tái)依照歹徒的指示將錢袋準(zhǔn)備好之后就在周圍埋伏了帶待命的警官，然而警察只抓到了歹徒同伙，歹徒通過電話說因?yàn)槿召u電視臺(tái)的報(bào)警所以要?dú)㈦u儆猴，情況愈發(fā)危機(jī)。

因?yàn)榭履喜聦?duì)了海豚旅行團(tuán)所出的謎題，于是，為三人贏得了一次免費(fèi)乘坐交響樂號(hào)去小笠原的機(jī)會(huì)，能登上這艘船的只有十名乘客，在登記途中，小五郎碰見了老警察鮫崎，但聽乘務(wù)員說這艘船上還有第三名偵探，小蘭和柯南也無意中發(fā)現(xiàn)了這次活動(dòng)的組織古川，夜晚，大家聚在一起討論此次前來的乘客，當(dāng)聽到葉才三這個(gè)名字時(shí)，每個(gè)人都面露驚訝之色。