超級(jí)粉絲庵野先生看過(guò)照片之后十分確定英祐的姐姐就是水無(wú)憐奈，他還特意播放了一段水無(wú)憐奈在火災(zāi)中獻(xiàn)血的的影像，但即便如此，英祐還是不承認(rèn)這個(gè)主播就是姐姐，因?yàn)樗驮o自己輸過(guò)血的姐姐的血型不同。幾日后，英祐再次來(lái)到事務(wù)所，說(shuō)自己會(huì)去奧平家取媽媽留下遺物，碰巧小五郎也正準(zhǔn)備去那里調(diào)查一年前發(fā)生的命案，于是，一行人來(lái)到奧平家，柯南從親子手冊(cè)上確定了英祐的血型，而另一邊，小五郎也展開了調(diào)查。

茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過(guò)了木暮警官，這時(shí)，警方找到了一個(gè)裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個(gè)發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對(duì)象。另一方面，水無(wú)憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

服部、和葉來(lái)到東京與柯南他們賞櫻的時(shí)候，一名來(lái)自升岳寺的小和尚突然找到小五郎拜托他調(diào)查一件古怪的事情，他說(shuō)幾天前寺里來(lái)的一個(gè)女施主腹部刺傷血流遍地的倒在別館里，但當(dāng)他叫師父和警察來(lái)時(shí)，屋內(nèi)卻空空如也。于是，柯南，服部等人一同前往調(diào)查，除了在屋內(nèi)發(fā)現(xiàn)耳環(huán)固定夾再?zèng)]有別的線索，就在他們離開之前小和尚傳久說(shuō)屋里又有女尸，待柯南趕到時(shí)，卻什么也沒有，難道這都是傳久的幻覺？

小五郎、柯南和小蘭去鐮倉(cāng)看繡球花的時(shí)候遇見了一樁命案，死者是資產(chǎn)家矢口九衛(wèi)門，警方立刻聯(lián)系了死者的兒子祿郎、明彥和公夫，分別對(duì)他們進(jìn)行偵訊，發(fā)現(xiàn)每個(gè)人都有作案動(dòng)機(jī)和嫌疑，但他們卻有不在場(chǎng)的證明。死者的三個(gè)兒子不但沒有為父親的死感到悲傷反而因?yàn)檫z產(chǎn)分配問題爭(zhēng)吵不休，看透真相的柯南將小五郎麻醉道出老先生的死因以及一個(gè)父親的哀傷。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯(lián)系，而在此之前小蘭從他那里聽說(shuō)，他好像在杯戶中央醫(yī)院找姐姐的時(shí)候發(fā)現(xiàn)了關(guān)于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對(duì)策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報(bào)人員，隨后，柯南一行人趕到醫(yī)院向護(hù)士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個(gè)人像英祐一樣在這家醫(yī)院打聽水無(wú)憐奈的事情。