茱蒂老師以卡梅隆搜查官女朋友的身份出現(xiàn)瞞過了木暮警官，這時，警方找到了一個裝有雨衣和兇器的紙袋并且還在死者的便簽本上發(fā)現(xiàn)了一句疑似死亡訊息的話，根據(jù)這些線索，就連第一個發(fā)現(xiàn)尸體的女秘書也成了懷疑的對象。另一方面，水無憐奈雖然重新回到黑暗組織，卻遭到組織的懷疑，為了證實(shí)她是否被FBI所籠絡(luò)，組織派給她一件任務(wù)，那就是殺掉赤井秀一。

妃英理找到企圖辭職的九條檢察官，并告訴她竹內(nèi)的死并非自殺而是經(jīng)過策劃的謀殺案件，得知此事九條檢察官決定和妃英理一起在法庭上將真相公之于眾。審判過程中，小五郎以辯方的特別證人出現(xiàn)，他不但說明了竹內(nèi)夫婦早已名存實(shí)亡的婚姻，還將五年前竹內(nèi)違法建筑案的內(nèi)幕也說了出來，然而最關(guān)鍵的竹內(nèi)死亡之謎還是由柯南道出真相！

新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個暗號，這個寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時出現(xiàn)在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認(rèn)為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個十年前的故事后，柯南突然發(fā)覺有哪里不對，便重新將這個事件重新梳理，驚奇發(fā)現(xiàn)這個謎題其實(shí)是……

少年偵探團(tuán)、灰原與柯南等人發(fā)現(xiàn)小說家萬田年久的弟子原本高平在家中遇害。目暮調(diào)查了死亡推定時間內(nèi)的不在場證明。萬田說他從昨晚起一直把自己關(guān)在旅館的房間內(nèi)、案發(fā)時也沒出過房間。高木發(fā)現(xiàn)旅館和原本家確實(shí)很近。可是，島木說自己確實(shí)在旅館的候梯廳等萬田，而萬田的貓最終暴露了他犯罪的事實(shí)。而最終萬田也承認(rèn)了自己的罪行。

柯南、小蘭和園子一起去醫(yī)院看望國中同學(xué)的時候，遇到了拿著照片四處詢問的本堂英祐，照片上的人正是水無憐奈，但英祐卻堅持認(rèn)為水無憐奈和姐姐是兩個人，于是，小蘭打電話給水無憐奈的超級粉絲庵野進(jìn)行確認(rèn)，沒想到對方竟然說她打錯了，隨后一行人來到庵野家，他的母親正準(zhǔn)備出門取錢，柯南察覺到事有蹊蹺，斷定讓她打錢的那個人根本就是詐欺犯，在大家的幫助下，詐欺犯被送往了警局，而尋找水無憐奈也進(jìn)入了正題。