小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說(shuō)的電話邀請(qǐng)他們到自己的家里來(lái)。原來(lái)菊右衛(wèi)門是讓小五郎來(lái)看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉(cāng)庫(kù)拿新作的時(shí)候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會(huì)中土屋益子也因?yàn)樽砭撇黄鸲槐Щ亓朔块g中。但在第二天早上，從倉(cāng)庫(kù)里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過(guò)去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

為了找尋灰原存有藥物資料的磁盤(pán)，柯南一行找到了她姐姐明美的老師廣田教授，趕到時(shí)卻發(fā)現(xiàn)教授死在一個(gè)密封的室內(nèi)，經(jīng)過(guò)鑒識(shí)認(rèn)定是后腦勺遭到重物撞擊而死，但這其實(shí)是一件蓄意殺人案，可疑人物鎖定在白倉(cāng)、細(xì)矢和盛岡三人身上，就在柯南的推理遇到瓶頸時(shí)，灰原的一句話點(diǎn)醒了他，他用阿笠博士的聲音道出真相。

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒(méi)請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問(wèn)及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

在放學(xué)回家的路上，柯南和灰原發(fā)現(xiàn)了黑衣組織中金恩的車子，柯南在車上裝了發(fā)信器和竊聽(tīng)器進(jìn)行跟蹤，但被金恩發(fā)現(xiàn)，他也因此察覺(jué)到灰原的存在。柯南和灰原根據(jù)竊聽(tīng)器聽(tīng)到的地址，來(lái)到金恩和匹斯可等人要進(jìn)行殺人計(jì)劃的杯戶飯店，這里正舉行電影導(dǎo)演的追悼會(huì)，在放映幻燈片期間，政客吞口重彥被殺。

發(fā)生了這種不幸的事，小五郎帶著柯南、小蘭來(lái)到小惠家看望她，期間，柯南借上廁所之名跑到二樓的書(shū)房進(jìn)行調(diào)查，他發(fā)現(xiàn)在電話線和墻壁連接的地方有膠帶的痕跡，之后又跑去案發(fā)時(shí)的車庫(kù)，看到車庫(kù)的上方的窗子，更加確定了自己的推測(cè)——這起汽車爆炸事件另有隱情，數(shù)日后，小五郎再次來(lái)到小惠家，然而此次前來(lái)的目的卻是……