在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說的話語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

警方將嫌疑人鎖定在三個(gè)人身上，考慮到兇手很可能是關(guān)西人，服部要求親自對(duì)他們進(jìn)行偵訊，這些人分別是須貝、甘粕和東條，他們都聲稱自己是地道東京人，并且偵訊期間并沒有發(fā)現(xiàn)什么異常，之后，在旁吃飯的小蘭等人提供了一些線索，這讓柯南茅塞頓開，原來(lái)兇手就是那個(gè)人！他讓餐廳為這三個(gè)嫌疑人分別準(zhǔn)備一碗味增湯，并說只要喝下就能真相大白。

園子中學(xué)時(shí)的好友矢內(nèi)小姐拜托小五郎幫她重新調(diào)查姐姐的自殺案件，而她也是這次事件的目擊者之一。被警方認(rèn)定為自殺案件的這起事件還存在著很多疑點(diǎn)，事發(fā)當(dāng)天正在商量明年創(chuàng)立祭的矢內(nèi)小姐和顧問児玉老師看到了受害人在模型社里自殺的一幕，第一個(gè)趕到現(xiàn)場(chǎng)的是受害人的未婚夫柴垣老師，而柯南在還原現(xiàn)場(chǎng)時(shí)看出了端倪。

高木警官完全沒有向任何人告知行蹤便獨(dú)自出了遠(yuǎn)門，在警視廳門前等待高木警官的少年偵探團(tuán)們遲遲等不來(lái)人，這時(shí)一個(gè)男人交給了他們一個(gè)說是高木警官送來(lái)的包裹。佐藤警官打開包裹后發(fā)現(xiàn)里面放著一個(gè)平板電腦，按下電源后看到的竟然是身處于危險(xiǎn)之中的高木警官，即便高木警官還保持著冷靜，但體力透支的他還能撐多久？

經(jīng)過不斷的調(diào)查，柯南和平次終于知道了這起事件的始末，而小光這時(shí)又收到了來(lái)自洋房主人的簡(jiǎn)訊。假冒小光的合葉在小蘭的幫助下一同打倒了埋伏在南蠻房間里的兇手，敗露了行動(dòng)的兇手趁著昏暗的光線從暗道逃跑，被卡在暗道出口的他遇到的是平次和柯南，而兇手在燈光下顯現(xiàn)出來(lái)的臉是……