服部在參加劍道比賽的時(shí)候，竟然發(fā)生了命案，死者是大學(xué)生劍道選手垂見，然而奇怪的是，尸體不知道被什么人從第二會(huì)館倉(cāng)庫(kù)搬到了游泳池的更衣室，為了趕在柯南等人到達(dá)大阪之前破案，服部匆忙離開比賽會(huì)場(chǎng)展開調(diào)查，雖然與垂見同隊(duì)的面谷、胴口、小手川和袴田嫌疑最大，但卻找不到有力的證據(jù)也無法解釋尸體如何移動(dòng)，就在服部著急破案之時(shí)，服部的勁敵沖田上場(chǎng)連連擊敗他的隊(duì)友。

被害的真紀(jì)的因?yàn)殄X包不見了，被疑為是強(qiáng)盜殺人。乍看之下雖然像是強(qiáng)盜殺人，柯南卻肯定兇手是這些大學(xué)生一行人中的某人。雖然懷疑藤浩的不在場(chǎng)證明是否可以確立，這時(shí)這一行人中復(fù)雜的人際關(guān)系一點(diǎn)一點(diǎn)浮現(xiàn)出來。這次的殺人事件中，隱藏著另外一個(gè)邪惡的計(jì)劃。在“沉睡的小五郎”的解說下兇手最終浮出水面來。

柯南一開始就知道兇手是誰(shuí)，但他卻苦于找不到證據(jù)，然而當(dāng)他無意間看到勒在素夫脖子上的領(lǐng)帶，沒錯(cuò)，證據(jù)就是這個(gè)！另一邊，目暮警官發(fā)現(xiàn)素夫死前所買保險(xiǎn)的受益人是菊代，而且在素夫消失的這段時(shí)間她也曾來過倉(cāng)庫(kù)以及根據(jù)美濃所提供的證詞，這一切線索不得不讓警方懷疑殺死素夫的兇手就是菊代，而菊代也是百口莫辯。這時(shí)，柯南將園子麻醉，借助變聲器將事情的真相一一道出！

沒想到灰原調(diào)配的解毒劑能夠長(zhǎng)久的維持這具變大的身體，而與新一能同時(shí)出現(xiàn)在小蘭面前的柯南其實(shí)也灰原偽裝的，這樣就完全解除了小蘭的懷疑，之后，新一將小蘭約到米花中央大樓的瞭望餐廳吃飯，并想乘此機(jī)會(huì)表明心跡，然而卻在這時(shí)發(fā)生了命案，新一暫時(shí)拋下小蘭去解決案件，并且成功推斷出了兇手就是大場(chǎng)先生。

死者是奈緒子，柯南和服部在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)發(fā)現(xiàn)了魚鱗和腳印，然而腳印的方向卻通向大海，只靠這些零星的線索，根本無法抓到兇手。這時(shí)，君惠說她有今年祭典購(gòu)買號(hào)碼牌的名冊(cè)，于是柯南一行人前往神社，悲劇再次發(fā)生，君惠為找名冊(cè)死在倉(cāng)庫(kù)的大火之中。之后，柯南和服部分頭行動(dòng)，服部發(fā)現(xiàn)了新的線索，正巧此時(shí)柯南打來電話，他到底推理出了怎樣的真相而讓服部吃驚不已？上山找門脅時(shí)，和葉為救服部墜落懸崖，她能否化險(xiǎn)為夷？