阿笠博士帶著柯南和哀拜訪了哀父親的兒時(shí)的玩伴出島。但就在這時(shí)出島卻被毒死！小哀擔(dān)心可能是暗黑組織發(fā)現(xiàn)了姐姐留下的東西而殺人滅口，但柯南予以否定并道出了兇手利用廁所的抽紙而實(shí)行的殺人計(jì)劃，而兇手正是設(shè)計(jì)所的設(shè)計(jì)員。案件解決后小哀終于拿到了姐姐留下的媽媽的遺物。另一方面黑衣人一伙似乎也有了新的行動(dòng)。

柯南與少年偵探團(tuán)與阿笠博士去看足球比賽。在歸途中，遇見(jiàn)在看電視轉(zhuǎn)播其他比賽的赤野，他毒罵比賽中轉(zhuǎn)會(huì)而遭觀眾噓聲的選手。赤野是上了看球黑名單惡名昭著的狂熱不良分子。然而這個(gè)赤野在支持者混雜的電車內(nèi)被殺害了。在柯南等各位少年偵探團(tuán)的幫助下警察很快排查出了主要的嫌疑人。而就在此時(shí)灰原卻默默的走離人群？

受園子的邀請(qǐng)，柯南、蘭、小五郎到輕井澤游玩。因?yàn)樵谏种忻粤寺罚詻Q定在山里的一軒家借宿。在那里，遇見(jiàn)了白天見(jiàn)到的網(wǎng)球教練明石寬人。但是，夜里，卻發(fā)現(xiàn)了寬人的父親巖夫上吊的尸首。在柯南的提示下，警官也發(fā)現(xiàn)從尸體嘴里留下的不正常血跡。之后眾人還得知了石明三年前妻子去世的事情。而明石身上的疑團(tuán)也越來(lái)越多。

平次和合葉被惡毒的律師美里沙關(guān)了起來(lái)，并強(qiáng)迫服部來(lái)解開楠川偵探留下的一句暗號(hào)。另一方面柯南雖然在掌握了平次他們的行蹤，但因?yàn)檎也坏街缓谜伊思绎埖瓿晕顼垺Ｍ蝗黄酱未蛄艘煌娫掃^(guò)來(lái)，要求幫忙解暗號(hào)密碼，但柯南發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)密碼的異常。此時(shí)，服部也為美里沙解開了暗號(hào)的謎題，而柯南也成功解除謎題并報(bào)警解救出平次和葉子。

在警方調(diào)查的過(guò)程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤由絹川和輝主演的錄影帶，本來(lái)想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細(xì)節(jié)，這時(shí)，有鑒識(shí)人員說(shuō)兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據(jù)這些判斷出兇手是誰(shuí)以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應(yīng)準(zhǔn)備后，一場(chǎng)精彩的推理就要開始了！