被誤認(rèn)為同學(xué)片岡純而遭到綁架的柯南成功的從廢棄建筑的地下室逃脫回來(lái)。在不斷的觀看錄像帶之后高木警官發(fā)現(xiàn)了車輛忽然消失的手法。很快綁架犯吉澤正發(fā)現(xiàn)被絞死在停在停車場(chǎng)的輕型四輪車中，在搜尋同伙的時(shí)候江崎幸子成為了重要嫌疑人。而在柯南的推理下真正的綁架同伙浮出水面。在佐藤和高木警官的協(xié)助下犯人終于被捕。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來(lái)到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來(lái)到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過(guò)一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

之后，新一又對(duì)舞臺(tái)重新進(jìn)行調(diào)查，并注意到了舞臺(tái)的活動(dòng)機(jī)關(guān)，如果利用這個(gè)的話兇手及其犯案手法都不難推斷，他將事情的真相告訴有希子，由她揭穿兇手，然而，在兇手被警方帶走前卻說(shuō)了一句讓小蘭很介意的話。案子結(jié)束后，小蘭不小心弄丟了莎朗送給她的手帕，沒(méi)想到兩人找手帕的時(shí)候遇到了……

柯南和小蘭準(zhǔn)備食材的時(shí)候遇到了舊識(shí)西村佐知子，她也正在為自己男朋友的到來(lái)而滿心期待的做準(zhǔn)備，只是沒(méi)想到第二天，佐知子居然被人用銅質(zhì)裝飾品擊中后腦勺而喪命，警方認(rèn)為她男朋友殺人的可能性最大，但小蘭卻無(wú)論如何都不愿相信這是事實(shí)，于是，她在柯南的暗中提醒下展開了調(diào)查，在詢問(wèn)了佐知子同事之后，小蘭得知了一個(gè)驚人的秘密！

少年偵探隊(duì)在調(diào)查連續(xù)闖空門事件的時(shí)候，一幢公寓里突然傳出女聲尖叫，原來(lái)這名叫細(xì)野的小姐在買回來(lái)的二手沙發(fā)里發(fā)現(xiàn)了一具女尸，警方懷疑是她就是兇手，但細(xì)野卻有不在場(chǎng)的證明，這時(shí)，她的鄰居德永先生剛好回來(lái)，他說(shuō)昨天聽到細(xì)野房中有爭(zhēng)執(zhí)的聲音，為搜集更多線索，高木去了那家二手家具店調(diào)查，得知那個(gè)沙發(fā)其實(shí)是從細(xì)野家附近的垃圾堆撿到的，一切又回到原點(diǎn)，就在大家一籌莫展時(shí)，光彥說(shuō)他知道誰(shuí)是兇手……