警方將嫌疑人鎖定在三個(gè)人身上，考慮到兇手很可能是關(guān)西人，服部要求親自對(duì)他們進(jìn)行偵訊，這些人分別是須貝、甘粕和東條，他們都聲稱(chēng)自己是地道東京人，并且偵訊期間并沒(méi)有發(fā)現(xiàn)什么異常，之后，在旁吃飯的小蘭等人提供了一些線(xiàn)索，這讓柯南茅塞頓開(kāi)，原來(lái)兇手就是那個(gè)人！他讓餐廳為這三個(gè)嫌疑人分別準(zhǔn)備一碗味增湯，并說(shuō)只要喝下就能真相大白。

因?yàn)樯缴蠒r(shí)常有人白天生起營(yíng)火的緣故，柯南并不能根據(jù)濃煙判斷小哀等人的位置，柯南現(xiàn)在急于找出兇手問(wèn)出同伴的下落。火勢(shì)蔓延的很快，小哀迫于無(wú)奈只能吃下解藥帶著孩子們沖出了木屋，柯南已經(jīng)根據(jù)自己的推理找到了真正的兇手，但被光彥傳出去的影片將會(huì)帶給他們很大的麻煩。

在警方介入調(diào)查奈奈美母親的墜亡事件時(shí)，少年偵探團(tuán)的孩子們卻不見(jiàn)了蹤影，而現(xiàn)代當(dāng)家的助手長(zhǎng)瀨先生也不見(jiàn)了。柯南等人在神秘的暗黑之塔中遇到了各式各樣的機(jī)關(guān)，在塔內(nèi)他們還遭到了神秘人物的追趕，當(dāng)柯南反應(yīng)過(guò)來(lái)時(shí)身邊的伙伴們都消失不見(jiàn)，獨(dú)自尋找同伴的他想起了奈奈美的哥哥所說(shuō)的話(huà)語(yǔ)，暗黑之塔寶藏的秘密即將揭曉。

柯南一行人在阿笠博士的陪同下一起去山上露營(yíng)，在柯南和博士前去買(mǎi)東西時(shí)碰巧遇到了世良真純。另一方面，在山上撿拾柴火的灰原等人碰到了正在掩埋尸體的可疑人物，無(wú)法與柯南聯(lián)系的他們只能逃到了山中的小木屋內(nèi)，但讓他們沒(méi)想到的是這里便是兇案的事發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，在柯南等人開(kāi)始調(diào)查三個(gè)有嫌疑的人時(shí)小木屋卻燒起來(lái)了。

被襲擊的迫田暈倒前指向了小蘭，擁有空手道段數(shù)的小蘭被懷疑，尋找到目擊證人的柯南還從飾演過(guò)蝴蝶夫人的兩位演員身上找到了小蘭飾演角色的原型，而劇本內(nèi)第二起殺人事件的死亡訊息也不知道蘊(yùn)含著什么意義。案件變得更加撲朔迷離，擁有犯罪嫌疑的人越來(lái)越多，而在案件還沒(méi)解決的情況下又有人遭到了襲擊。