第三場考試是個人戰，考試將以淘汰賽的規則進行，第一場是博人對戰云隱的尤魯伊。尤魯伊的口香糖能通過注入查克拉成為觸媒，滿場的泡泡一碰就爆炸，陷入劣勢的博人再次使用了科學忍具。之后的淘汰賽都非常精彩，木葉的下忍們表現的尤為突出，而最后一場比賽，蝶蝶對上的是我愛羅的養子新希。

孫策（濮存昕飾）占領江東后，聲勢大震，常有攻打許都之心，許貢告密于曹操，被孫策兵馬抓獲。孫策與張昭游街的時候，遇見被民間稱為“神仙”的于吉，見城中百姓皆行跪拜之禮，大怒。在出城散心中碰到殺手，被刺傷。不久孫策傷勢見好，于吉又在城中施符水，正巧孫策正在召眾臣商討討伐許都之事，遂勃然大怒，一劍刺向于吉。于吉死后，孫策不久傷口復發而亡，其弟孫權統領江東。

董卓見呂布戰敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設下連環計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務農，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務。曹操與呂布混戰，收復兗州。

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

在與花火的切磋中博人使出了全力，但直到最后也絲毫沒有開眼的跡象，博人開始覺得自己的這只眼睛可能并不是白眼。雖然博人并沒有開啟白眼，但鳴人可以肯定自己的兒子并沒有撒謊，博人可能擁有了白眼以外的某種力量。博人對著影正的電影海報喃喃自語時遇到了佐良娜，兩人談到影正的續篇可能會中止時神秘的黑影又出現了。