柯南認為這并非單純的自殺事件，期間一定存在兇手X，于是他匆忙跑去調查，與此同時，原本陪委托人床前小百合慢跑的小五郎也察覺到了蛛絲馬跡，當他趕到與浦生良造初次見面的餐館時碰巧遇見了柯南，兩人一起尋找線索，雖然關鍵性的證據被暗中襲來的兇手搶走，但小五郎還是知道了兇手是誰，面對真相與友誼，身為偵探的小五郎該做何選擇？

小蘭興致勃勃的來到妃英理的律師事務所，試圖幫父母慶祝他們第一次約會紀念日，可妃英理卻在接了一通電話后匆匆離去，之后小蘭在一個大花瓶里發現了自己媽媽和陌生男人在一起的合照以及結婚戒指，氣憤的小蘭一路跟蹤到了一家咖啡館，卻看見妃英理正在和照片上的男人一起喝咖啡，就在小蘭想要揮舞拳頭沖向這個“外遇男”時，柯南的一句話打消了她的念頭。

著名畫家及川武賴四部曲作品當中的最后一幅《青嵐》被怪盜基德盯上，柯南、小五郎也因此被請到了及川府，然而那幅畫竟然在設有監視器的畫室里瞬間消失不見，與此同時，及川的岳父風景畫大師神原也被發現死在這個房間內，難道兇手是從不殺人的基德？之后及川在柯南的后衣口袋中發現了基德留下的卡片，但柯南一眼就看穿了他的把戲，并推斷出基德就在四名警察之中。

在FBI制定作戰計劃的同時黑暗組織就已經展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫院陸續出現送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫院爆炸，后果不堪設想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？

電視臺要制作與小五郎24小時密切接觸的電視節目，為了討論節目內容，小五郎帶著柯南和小蘭隨節目制作公司的社長染井彰吾一起前往東都電視臺制作人中目賴策的家中商討方案，沒想到大門竟然上了鎖而且按門鈴也沒有回應，于是請來管理員打開門進入公寓，出現在他們眼前的是因喝下毒咖啡而身亡的中目的尸體，從在桌面和地面上打翻的咖啡痕跡，柯南看出這是一起密室殺人案。