柯南從無人機上墜落后便失去了犯人的線索，就在眾人一籌莫展的時候佐藤警官打來電話，她稱發現了犯人。佐藤警官上前拘捕犯人卻反被挾持，柯南和高木等人趕到后協力制服了犯人，但手提包內的1億日元卻不翼而飛。另一方面，本該被綁架的麻奈美小姐正在美術館欣賞裕之的作品，而這背后到底是誰在搞鬼？

利用步美找到的暗號解讀表，柯南本以為能順利解開暗號，不料卻遇到了瓶頸。正當此時，若狹老師再次拜托少年偵探團前往舊倉庫尋找石灰。來到舊倉庫的眾人發現倉庫一片狼藉，在若狹老師不經意的提示下，柯南終于解開了暗號的含義，并推測犯人將再次來到舊倉庫。為了避免打草驚蛇，柯南設計誤導犯人，并在深夜與若狹老師等人再次來到舊倉庫，柯南能否順利將犯人一網打盡？

柯南等人幫助舊書店店主裕次郎搬運書籍，并在書店遇到了裕次郎的兒子一郎。一郎對于父親經營舊書店的事感到很不滿，爭執中眾人不歡而散。在光彥的帶領下，柯南等人來到了舊書店旁的公園，準備觀看蒸汽機車發動的場面，并在等待的途中偶遇了一郎。正當眾人與蒸汽機車合影完畢返回書店時，卻發現裕次郎被壓在了倒塌的書架下面……

平次參加了全國高中生劍道大賽，他在個人賽中獲得了優異的成績，他決心打敗對手沖田然后向和葉告白。但是事情進展的并不順利，中場休息時場外發生了一起兇殺案。裁判拔谷士道在室外廁所旁被殺害，兇手穿著京都泉心高中的劍道護具，現場沒有目擊者，只有一位雙目失明的老人聽到了聲響。

由美的前男友秀吉幾年前曾經交給她一個信封保管，并說等他“集齊七個”后再打開信封，雖然秀吉已經“集齊七個”，但由美卻并沒有特別在意，信封也被夾在雜志中當垃圾處理。突然插播的廣告讓由美知道秀吉竟然是將棋的七冠王，佐藤猜測信封里很可能是婚姻登記表，并提到將棋七冠王收入不菲，回過神來的由美立即回家尋找信封。