小五郎和朋友分開，一個人醉醺醺的在街上游蕩時，碰到了有過幾面之緣的佐知子，她邀請小五郎和她一起兜風(fēng)，之后，小五郎在送佐知子回到家時，發(fā)現(xiàn)她的室友和美被殺，最有可能的人就是佐知子，但是她當(dāng)時和小五郎在一起，有充分的不在場證明，那么到底是時間的錯亂？還是兇手另有其人？

破解密碼后，元康留下的線索居然是……案件解決之后，小蘭找借口把柯南帶到了工藤家，并戳穿柯南就是新一的身份，這時，工藤的母親有希子從美國回來，在她的幫助下，柯南逃過了小蘭的質(zhì)問。 次日，有希子帶柯南來到鄉(xiāng)下，原來她是受兒時朋友廣美所托，來鑒別剛從巴西回來的叔父義房的「真假」，晚上，義房說他早就知道大家的懷疑，并從身上拿出一封恐嚇信。

柯南，小蘭和小五郎一行三人搭乘開往北海道的特快列車北斗星三號，在通過隧道的時候珠寶商人出云被人槍殺，兇手將車窗射穿跳出車外逃跑，之后警方又在隧道之中發(fā)現(xiàn)了疑似歹徒的男人，這宗命案的過程簡直跟柯南的爸爸工藤優(yōu)作一篇未發(fā)表的推理小說一模一樣，期間一個言行奇怪的女人引起的柯南的注意，在柯南揭穿她的謊言后，她終于暴露了身份。

找到兇器成了破案的關(guān)鍵，小五郎發(fā)現(xiàn)抽屜里的冰鎬少了一根，加之對大家物品的檢查認(rèn)定矢代就是兇手，可是柯南卻發(fā)現(xiàn)消失的冰鎬被用來固定植物了，繼而小五郎又認(rèn)定上森的兒媳熏兇手，熏指出這里的每個人都有殺人動機(jī)并否定自己是兇手，到底誰是兇手呢？這時，柯南從目暮警官和小五郎的談話中得到啟示，找到兇器之后，沒錯，兇手就是那個人！

柯南等人參加了麻美這個自稱是新一的初戀情人，在別墅舉辦的生日聚會，因?yàn)樗舜蠹揖土羲粋€人在別墅，剩下一群人則上街去唱卡拉OK，這時，沢井發(fā)現(xiàn)別墅方向發(fā)生了火災(zāi)，可麻美還在屋里睡覺，所幸小蘭將門踢開救出了麻美。