柯南和小伙伴們在河里抓魚時，發現對面的樓頂有人在射擊河上的氣球，并看到狙擊手像是被人脅迫了一樣，待那些人離開之后，柯南和伙伴們在對面的樓頂找到了留有3135134162數字的計算器，之后柯南便對著這些數字苦思冥想，認為求救者留下的162就是指162國道，找到相應的路段后，警察布好埋伏，卻不見犯人身影，焦急等待的柯南突然意識到了暗號的真正含義。

少年偵探團在兒童跑腿活動中，充當活動記錄。一行人跟在兒童小宏后面攝影，可是小宏總是亂跑，期間還曾跑進過，一幢將要拆掉的廢棄大樓里，小宏在躲過了兩次人為制造的意外后，被人擄走，柯南從記錄的中發現了蛛絲馬跡，他們來到廢棄大樓，并在地下室找到了小宏和一具尸體，這時，兇手將少年偵探團關到樓中，而外面拆除大樓已經開始，少年偵探團能否逃過一劫？

這天小五郎帶著小蘭和柯南到外面吃完飯時巧遇大學時代的同學大村。因為有事商量他們一同到了大村的公寓。在屋里喝茶說話時，窗戶玻璃突然碎了而在樓下的馬路上突然有個男人倒地身亡。在警方調查下發現死者生田是在和同學聚會的途中出去后死亡的。而在勘察了現場之后柯南發現了犯人使尸體自動摔下的手法并以小五郎的聲音揭露了犯人的犯罪手法。犯人最終承認了罪行并坦白了自己殺人的原因。

園子、小蘭和柯南三人一起參加搖滾樂團雷克斯的慶功宴，卡拉OK包廂內，大家都因雷克斯樂團將要解散而面露悲傷，在主唱達也演唱完《血紅的維納斯》后，中毒猝死，在場的人都有作案的嫌疑，柯南無意看到達也以前的樂團照片后，便明白了兇手是誰，他躲在暗處以工藤新一的身份將兇手揭露，而因這場兇案牽扯出的愛恨情仇也無疑讓所有人扼腕嘆息。

當晚發生殺人案件的書房是完全的密室，而屋外的雪地上也沒有腳印。犯人是怎樣到書房的呢？在大家都將兇嫌箭頭指向搞外遇的妻子和情夫時，柯南卻看出破綻。一樁多年前的恩怨所埋下了憤恨的殺機的事實漸漸浮出了水面。最終柯南發現了兇手的犯罪手法并將其公之于眾，而兇手也最終承認了因為妹妹的去世而起殺念的事實。