就在光彥撥通報警電話之時，檢查的工人以小哀作為威脅，沒有辦法下光彥掛斷了求救電話。犯人們商議著要放棄贖金處理掉一切，少年偵探團的各位陷入了危機，就在這時步美注意到柯南發出的信號，按照指示給依次給步美，柯南，元太和阿笠博士的手機打電話來分散犯人的注意力，但因為聲音太大反而引發了犯人的注意。而此時犯人也發現了孩子們的計謀開始尋找光彥他們，柯南利用麻醉槍也終于制符了犯人們。

柯南和服部等人得知了犬伏家兄妹幾人改名的事情，而在和葉子和小蘭的閑聊中服部和柯南領悟到了魔犬的秘密正在這時裟臣婆婆卻突然倒下。而在小蘭和葉子的提示下小五郎推理出幸姬變是此次事件的犯人。而當眾人來到小屋里尋找幸姬的時候，魔犬卻突然出現！但當魔犬撲過來時眾人發現魔犬其實只是小狗，而服部和柯南也揭露了犯人的真面目。

就在兇手企圖用球棒襲擊被騙到音樂室的小林老師時，他卻反過來被小林老師撂倒，這時，少年偵探團和白鳥警官出現，原來小林老師早已被白鳥警官所保護而眼前這個人正是佐藤警官，期間，小林老師想起了以前在書店發生的事情，誤會消除的二人重歸于好。麒麟角是鈴木次郎吉在山中寺廟發現的寶物，而基德又以此為目標出了預告函，次郎吉率領基德無法喬裝的少年偵探團以及進行直播的工作人員來到寺廟，麒麟像被藏在寺廟的立柱中間，想要拿取它并非易事……

大和警官和柯南等人立刻找到剩下的三個嫌疑人展開詢問，可是每個人都有不在案發現場的證明，與此同時，只身一人在公館思考赤壁之謎的高明遭到了兇手的襲擊，在失去意識之前他向大和傳了一條“孔明之死”的訊息，當柯南他們趕到公館后這里已是熊熊大火，所幸上原由衣及時將高明救出，把他送到醫院的時候，小蘭對醫生們不同顏色的衣服表示好奇，而這個問題正好給了柯南和大和提示，讓他們破解了赤壁之謎！

小五郎帶柯南和小蘭去菜園屋頂的時候，發現了其中一塊菜田主人中村的尸體，表面上看像是因為腳底打滑磕到了后腦勺的意外死亡，但柯南察覺到了其中的蹊蹺，警察找來屋頂菜園的其他三名種植者進行偵訊，每個人都沒有不在場的證明，并且其中一人的供詞卻引起了柯南的注意，當大伙兒再次來到菜園進行現場調查時，柯南發現了一塊奇怪的磚頭，而這無疑是找出兇手的關鍵線索。