傳說中的幽靈鬼屋里住進了一個奇怪的大叔，但當柯南他們趕去調查時看見的卻是整齊的庭院。不幸的是這個整理庭院的大叔第二天就因病去世了，在庭院門口，少年偵探團遇到了前來取畫的畫商并從他的口中得知住在這里的人是畫家和田，可是大家找遍了房子也沒能找到畫作，就在他們要放棄之時，來了兩名前來看畫的客人，而這個人正是和田失憶的阿姨，為了讓疼愛自己的阿姨恢復記憶，和田到底創作了怎樣一幅畫？

柯南等人和阿笠博士一起來雪山玩，元太堆雪人的時候，結識了正在為美術大學做畢業展作品的四名大學生，可沒過多久其中一名叫小倉朔子的女生竟然不見了身影，于是，大家在茫茫風雪中分頭尋找，卻意外的發現朔子竟然死在滑雪場懸崖下的池塘里，警察也立刻趕來介入調查，并分別對死者的其他三名朋友進行偵訊，但沒有發現任何可疑之處。

柯南回家后小蘭就告訴他，自從放寒假瑛祐就失去了聯系，而在此之前小蘭從他那里聽說，他好像在杯戶中央醫院找姐姐的時候發現了關于自己父親線索，柯南急忙找到茱蒂老師商量對策，并推斷出他的父親就是被黑暗組織殺掉的CIA諜報人員，隨后，柯南一行人趕到醫院向護士詢問英祐的事情，沒想到竟然還有另一個人像英祐一樣在這家醫院打聽水無憐奈的事情。

警察在案發現場發現了一個筆記本，上面以流動日記的形式寫著這四名死者害死甲斐先生的秘密，根據這個筆記本，大和警官推測兇手就是因為內疚而動手殺人的繁次。但是還有疑點并未解開，于是，柯南和服部兩人再次來到了綾華的死亡現場，并從一名警察那里聽到了關鍵的線索，兇手就是……

小林老師在圖書館里發現了一個牛皮錢包，那里放了小學一年級時小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想卻在學校圖書館遇到了一個自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發出挑戰并在留下了一個裝有暗號的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號的尋寶之旅！