少年偵探團(tuán)從事務(wù)所的答錄機(jī)上聽到天氣播報(bào)員淺野亞紀(jì)的留言，便私自決定代替小五郎去處理事件，來到電視臺后，亞紀(jì)熱情招待大家，還記下了柯南的call機(jī)的號碼，期間，亞紀(jì)接到了一通電話匆匆離去。在等待的過程中，柯南的call機(jī)收到了亞紀(jì)發(fā)來的留言，根據(jù)這些陸續(xù)發(fā)來的數(shù)字，大家推斷出亞紀(jì)一定是遇到了危險(xiǎn)，經(jīng)過反復(fù)推敲和琢磨，柯南終于明白了其中的含義，并按照這個(gè)訊息找到了被綁架的亞紀(jì)。

土屋益子雖然被認(rèn)為是因?yàn)榇蚱屏司沼倚l(wèi)門的新作“風(fēng)水丸”而內(nèi)疚自盡的，但柯南在看到現(xiàn)場的血跡時(shí)發(fā)現(xiàn)了不正常的地方，最終確定這是一起殺人事件并推理出了犯人的犯罪手法和兇手的身份。而在鐵證面前兇手也最終承認(rèn)了罪行，坦白了因不愿意益子繼續(xù)將自己的作品作為師父的作品來欺騙他人而殺人的事實(shí)。

前往洋子演唱會的途中，小五郎弄丟了門票，這時(shí)，碰巧遇到了一個(gè)叫青島全代的小姐，她表示如果能接她妹妹聽演唱會，就愿意把多余的門票讓給小五郎。當(dāng)大伙兒到全代的家時(shí)發(fā)現(xiàn)她的妹妹美菜在一個(gè)密閉的浴室中狀似自殺死亡多時(shí)，這個(gè)浴室的門窗縫隙全部從內(nèi)部用膠帶貼住，經(jīng)過鑒識膠帶上只有美菜一個(gè)人的指紋，雖然警方認(rèn)為這是自殺案件，但種種疑點(diǎn)表明這絕對是謀殺。

小五郎他們接到了陶藝家的菊右衛(wèi)門說的電話邀請他們到自己的家里來。原來菊右衛(wèi)門是讓小五郎來看他的新作“風(fēng)水丸”。就在媳婦土屋益子去倉庫拿新作的時(shí)候竟然不小心把“風(fēng)水丸”打破了！而在晚上的宴會中土屋益子也因?yàn)樽砭撇黄鸲槐Щ亓朔块g中。但在第二天早上，從倉庫里傳出了陶器的破碎聲，當(dāng)大家跑過去的時(shí)候發(fā)現(xiàn)益子竟然上吊身亡。

柯南注意到恐怖妖怪的頭上分別有「R」「L」「N」三個(gè)字母，并將數(shù)字時(shí)鐘上被劃痕分開的11：0結(jié)合起來，解開了屋內(nèi)的謎題，在他的提醒下，小五郎也逐漸的明白了這些暗號的含義，到了夜晚，大家按照屋主留下的暗號，再次回到了鴿子時(shí)鐘下面，讓他們驚訝的是這次從時(shí)鐘里出現(xiàn)的不是妖怪而是……