白鳥警官的車突然發(fā)生爆炸，所幸他并沒有當(dāng)場(chǎng)死亡而是被立馬送去了醫(yī)院，在他的手中，佐藤警官還發(fā)現(xiàn)一封和三年前相似風(fēng)格的挑戰(zhàn)書，為了尋找炸彈，警察在慌亂中展開調(diào)查，柯南也從佐藤警官那里得知了，這個(gè)爆炸狂與警察的淵源，七年前警察和兩名歹徒產(chǎn)生了誤會(huì)，而導(dǎo)致其中一人出車禍死亡，于是這名活下來的歹徒便安放炸彈報(bào)復(fù)警察。

帝丹高中最近發(fā)生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調(diào)查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫(yī)生，于是一行人在園子的帶領(lǐng)下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現(xiàn)了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導(dǎo)致保坂死去的樓梯，經(jīng)過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時(shí)，操場(chǎng)中間突然出現(xiàn)了保坂的書桌……

在聽取了觀野家主婦節(jié)子與她的婆婆彌生、以及事件前剛剛到訪的津曲水貴和三重仿春4人的供詞之后。柯南從女兒節(jié)人偶的排列方式上發(fā)現(xiàn)了事件的真相。在柯南的解說之下大家終于找到消失掉的卷軸。而藏起這個(gè)卷軸的正是老婆婆。她告訴眾人這幅卷軸的由來以及自己為了孩子賣掉卷軸的事情。而詛咒的卷軸的謠言也最終不攻自破了。

在警方調(diào)查的過程中，他們還在下鴨的房間發(fā)現(xiàn)了一盤由絹川和輝主演的錄影帶，本來想看看其中有什么線索，不想小五郎和橫溝警官還很入戲的看完了，但柯南卻注意到了被他們所忽略的細(xì)節(jié)，這時(shí)，有鑒識(shí)人員說兇手在勒死下鴨之前曾用蓬蓮頭敲打他的頭部，柯南根據(jù)這些判斷出兇手是誰以及她所使用的兇器，之后，他又使用老方法將小五郎麻醉，在指示了橫溝警官做好相應(yīng)準(zhǔn)備后，一場(chǎng)精彩的推理就要開始了！

柯南在新出醫(yī)院遇到的老先生說了一段讓人匪夷所思的鬼怪理論，為了探求真相，柯南等人來到了這棟有鬼出沒的公寓，在其旁邊還有一棟因人自殺而停工的公寓，正前方的公園也曾現(xiàn)過一具女性的焦尸，這些傳聞聽著就叫人毛骨悚然。當(dāng)晚，大家在老先生的房中等鬼出現(xiàn)時(shí)，卻不知不覺都睡著了，恍惚中，電視自己打開并出現(xiàn)了恐怖畫面，而馬桶的水也突然變成紅色，窗外還出現(xiàn)了鬼影，難道這棟公寓真的有鬼？如果這一切都是人為，那么他又有什么目的呢？？