參加網球比賽的柯南他們來到熊本縣。市內觀光的途中，園子撿到一部手機。手機的畫面上是“想要遇見那個孩子”的短信。園子與小蘭得到與園子同名女子的戀人的幫助，帶著手機出現在咖啡店。小蘭無意中聽到兩人的危險談話被綁架，而在小蘭打來的電話中柯南他們開始進行調查決心已定要組織這場謀殺！

正當小蘭她們陷入困境的時候新一卻打來了電話，小蘭在電話里說明了現場的情況并指出有三個奇怪的客人借用過便利店的廁所。但是，貨物不見的那天，按規定只有七川值班。在新一的引導下小蘭確定了犯人的身份，并按照新一的提示找出了犯人。而店長以償還偷盜物品為由留下了陷入困境的犯人。七川也洗清了嫌疑。

園子的大伯次郎吉因為怪盜基德曾經搶了他大出風頭的機會，而一直耿耿于懷，便不惜人力物力發誓抓住基德，他以“藍色奇跡”為誘餌高調的在報紙上向基德下戰書，不想基德居然回應了他的挑戰，并說自己會走著去盜取“藍色奇跡”，在正式盜取之前，基德先前往博物館查看地形，面對層層包圍的警察和直升機，他就這樣突然懸浮在空中出現在眾人面前，不但如此，他還在沒有任何設備的狀況下，泰然自若的在空中漫步。

柯南、小蘭、小五郎等到小天狗山遠足，目擊了在山頂管理事務所工作的平井高也從山崖上掉下來。他們急忙到崖下去看時，平井已經死亡。同事務所工作的近藤英一郎說本來應該是自己去的，為此泣不成聲，警方打算按照事故處理，柯南卻發現這不是突發事故而是一起殺人事件！而在調查之后柯南也發現了兇手的真實面目以及犯罪手法！

受園子的邀請，柯南和小蘭為出席大賀財團繼承人大賀真哉的結婚酒宴乘新干線來到了豪斯登堡。在途中柯南一行人遇上了做玻璃小酒杯的員工高橋純一。但是在第二天的結婚儀式前，放在新娘的化裝間里大賀家傳家寶紅寶石戒指卻失蹤了！而新娘香取茜草也不知道被誰綁架，在一系列偵查之后柯南終于發現了犯人的真正目的。