正當(dāng)少年偵探團(tuán)在西多摩郡龍神山游玩之時，突然從山上墜落一輛汽車。雖然看似事故，在柯南的提示下警方判斷這個事件不是事故而是謀殺。光彥偷偷的從事故現(xiàn)場拿到寫著暗語的紙條。從寫著暗號的紙片入手，光彥，步美，元太3人一起來到了暗號所指示的地點，在這里他們發(fā)現(xiàn)了大量被盜的車輛和先前謀殺案的兇手。

小五郎等人乘坐BONNET公交車，來到一個叫“影秋村”的地方，中途上同車的村民奧村喝了自己帶的茶后死亡了。小五郎和柯南自動在“影秋村”展開搜查。村民們就是否交給警察調(diào)查與警方發(fā)生了沖突。原來村民就是否將卡扭車作為觀光車分成了兩派而奧村作為反對派的代表同村長為代表的贊成派一直有沖突。此時村長船木出現(xiàn)并提出委托費為100萬日元的委托。之后柯南得知村子里7年前的事故。夜晚在尾隨塔子的柯南卻聽到為了找他而進(jìn)入神社的蘭的尖叫聲！？

柯南等也到同一個餐廳吃飯，聽說與這幾個漁夫相約的人在海邊溺死了。伊豆海邊發(fā)生了殺人事件。柯南已經(jīng)確認(rèn)了犯人的真實身份并利用因為泡到海水里無法確定死亡時間這個baga套出了犯人的話，面對現(xiàn)實，犯人最終承認(rèn)了自己的罪行。因為殺死了自己的父親而懷恨在心，最終痛下殺手。但自己的這番行為卻得不到同伴的贊同發(fā)怒的兇手最終在小蘭的話語中認(rèn)識到自己的錯誤。

看著奄奄一息的柯南，步美建議大家自己想辦法，三人按照石頭上的文字推斷出了出口方位又利用蝙蝠逃出了洞穴，歹徒也遭到逮捕。緊接著柯南被立刻送到醫(yī)院進(jìn)行治療，又在小蘭碰巧知道血型的情況下給他輸了血，小蘭最近的奇怪反應(yīng)讓柯南意識到自己的身份或許已經(jīng)在小蘭面前暴露，就在他打算向小蘭坦白時，灰原拿槍對準(zhǔn)柯南。

某天突然神秘女子池波來到事務(wù)所說要尋找中學(xué)同學(xué)柴田。通過池波提供的照片小五郎很快就找到了柴田，他們一行人立刻去了柴田家。就在進(jìn)入池田家的時候卻發(fā)現(xiàn)池田已經(jīng)被殺害而死時手里捏著的正式池波年輕時的照片！而柯南對這位委托人不夠完美的說詞充滿了疑問。在不斷的調(diào)查中柯南發(fā)現(xiàn)神秘女子的疑團(tuán)不斷增多，池波究竟是何方神圣？