少年偵探團(tuán)碰到了綠美容館的店長(zhǎng)綠和店員美香發(fā)生爭(zhēng)執(zhí)，因從中聽到美香要辭職的信息，步美表示很遺憾，但美香說可以幫步美剪次頭發(fā)。次日，大家陪步美去美香公寓時(shí)，卻發(fā)現(xiàn)她橫尸家中，之后警方介入調(diào)查并從死者的指甲縫中發(fā)現(xiàn)藍(lán)色塑膠碎屑，這時(shí)店長(zhǎng)綠也趕來(lái)確認(rèn)尸體，柯南從她的表情和怪異的舉止斷定她就是兇手，可是兇器到底是什么？在灰原的提醒下，柯南把目標(biāo)轉(zhuǎn)向垃圾，一番搜查后卻一無(wú)所獲，柯南這次真的判斷錯(cuò)誤嗎?

某天，小五郎收到一封請(qǐng)求信，一個(gè)叫中村操的人說他搬進(jìn)繼承的別墅之后，就碰到很多詭異的事情，到達(dá)后，柯南發(fā)現(xiàn)這個(gè)別墅確實(shí)充滿謎團(tuán)，大門扶手缺少的雕像，別墅里隨處可見動(dòng)物時(shí)鐘，所有數(shù)字型時(shí)鐘相同的刮痕，在屋頂?shù)拈w樓里好像有人，跟十年前疾風(fēng)竊盜集團(tuán)有關(guān)的新聞資料，高爾球袋上的DEMON字樣，另外，還有從鴿子時(shí)鐘里出來(lái)的恐怖妖怪，解開這些謎團(tuán)的鑰匙在哪里呢？

在吞口重彥被殺的瞬間柯南撿到了一條紫色的手帕，之后又發(fā)現(xiàn)了一個(gè)破碎的美術(shù)燈吊環(huán)，根據(jù)這兩條線索柯南展開了調(diào)查，可沒想到調(diào)查期間灰原卻被不明人士帶走，柯南以眼鏡為媒介聯(lián)系到灰原，得知她被關(guān)在了飯店內(nèi)的一個(gè)酒窖里，柯南讓灰原喝下老白干，這時(shí)，在飯店外面的柯南卻看到了金恩，而在酒窖的灰原身體也正在發(fā)生變化。

學(xué)校里最近發(fā)生了很多詭異的事情，而且教導(dǎo)主任在沒請(qǐng)假的情況下也消失了好幾天，當(dāng)柯南向老師和校長(zhǎng)問及此事時(shí)，大家也都避而不語(yǔ)，為調(diào)查真相少年偵探團(tuán)夜探帝丹小學(xué)，附有學(xué)生名字的娃娃，移動(dòng)的人體模型，窗戶后面的黑影，樓梯上的煙霧和扶手上的紅色顏料，以及自己班級(jí)里突然出現(xiàn)的十幾個(gè)黑影，雖然這一切看似撲朔迷離，但是真相只有一個(gè)。

收到市川產(chǎn)業(yè)的會(huì)長(zhǎng)的委托而且參加了在會(huì)長(zhǎng)家開的party的小五郎他們，為了確定公司的繼承人調(diào)查了會(huì)長(zhǎng)的女兒們。在柯南跟蹤一重小姐時(shí)卻不慎被人暈倒，當(dāng)他起來(lái)趕往會(huì)場(chǎng)的時(shí)候市川卻因?yàn)橥话l(fā)心臟病倒地身亡。但市川真的是因?yàn)橥话l(fā)心臟病死亡卻引發(fā)了市川的女兒們的爭(zhēng)論。而從包里搜出的注射器的一重也成為了頭號(hào)嫌疑犯。但在柯南推理下最終發(fā)現(xiàn)了真兇的身份。