新一、小蘭和阿笠博士依照暗號的指示一路來到了米花辦事處，并在樓頂找到了最后一個暗號，這個寫有s→w的暗號到底是何含義？阿笠博士說這或許代表方向，而此時出現在西南方的竟是泛紅的夕陽，新一認為這都是爸爸想讓自己看到落日才出的暗號。講完這個十年前的故事后，柯南突然發覺有哪里不對，便重新將這個事件重新梳理，驚奇發現這個謎題其實是……

為防止基德混入人群，次郎吉將所有人都隔離在防護網外，在眾粉絲表示不滿的同時，基德也宣告自己不會在如此冷清的舞臺表演，在他的煽動下，粉絲們沖破包圍網。魔術表演開始以前，他找到死對頭柯南并在他身上安裝了竊聽器，一切準備就緒，基德順利拿走了寶石鞋子，然而就在他通往樓頂的途中，看破瞬間移動的柯南出現在樓頂……

小蘭和園子去吃帶上小學生才能打折的巨龍之山奶油圣代。柯南覺得無聊去商場廁所時看到了高木、千葉和5歲的人質結誠佳代子的媽媽。柯南去地下停車場解救了佳代子，卻反被殺人犯大嶺良介當人質劫車帶走。小蘭找來了毛利小五郞救柯南。車上，柯南得知大嶺在涉谷開搶殺了柔道黑段、經常拖欠工人工資而引發金錢糾紛的恩田和美。原因是替開發過許多游戲卻沒得到應得數目的工資的朋友金山報仇。柯南企圖逃走，黑暗中有人對柯南開槍，大嶺救了柯南，柯南找來阿笠博士幫忙掩護。在毛利的調查中，幕后嫌疑人有三個。。。

因為柯南和妃英理一直想不出嫌疑人有沢悠子所使用的手法，小蘭趁機慫恿妃英理打電話給小五郎，沒想到電話另一頭卻傳來打麻將的聲音，氣憤的妃英理掛掉電話后，突然想起了小五郎以前常常使用的錄音小把戲，如果死者也曾使用同樣的手法騙有沢悠子的話，那么關于這起案件的所有的疑問都能迎刃而解。

在FBI制定作戰計劃的同時黑暗組織就已經展開了行動，他們以南田陸道的名義寄給FBI一盆花，就在柯南推測敵人的意圖時，杯戶中央醫院突然涌來大波病患，這無疑也是黑暗組織的安排，在處理完花盆里埋的炸彈后，醫院陸續出現送貨員，而這些貨物全部都是黑暗組織送的炸彈，如果醫院爆炸，后果不堪設想，柯南和赤井秀一又會采取什么行動？