少年偵探團在幫助真央尋找小狗的時候遇到了千葉和高木，偽裝成小五郎聲音的柯南從目暮警官哪里得知了發(fā)生的事件，中午左右的兩起爆炸事件的嫌犯已經(jīng)抓住，但裝有最后一枚炸彈的狐貍宅便車卻被毫不知情的劫犯搶走，而真央的小狗正是在這個被劫走的車?yán)铩榱朔乐挂馔庠俅伟l(fā)生，柯南帶領(lǐng)著少年偵探團們一起尋找車子的下落。

正在進(jìn)行的推理游戲卻變成了真正的殺人事件，在列車到達(dá)名古屋前柯南他們要在乘客中揪出真正的兇手來，在他們四處尋找線索的時候灰原卻忍受著內(nèi)心的煎熬。內(nèi)心忐忑不安的灰原正在受到組織的威脅，組織的黑影已經(jīng)更近一步接近灰原，她絕對不能以這種摸樣被人殺害。

事故現(xiàn)場的三人里面可能就有近期惡性循環(huán)破壞車輛案的兇手，為了幫助遲鈍的千葉警官步美等人用盡了辦法，但不解風(fēng)情的由美警官卻時常打斷兩人的獨處，在得知了真相之后由美仿佛看到了唯一單身的自己慘淡的生活，她對兩人的妨礙更加變本加厲。在被破壞的車子中柯南看到了他們的共同點，這是兇手想要強迫閉上雙眼的駕駛員睜大眼睛的報復(fù)行為。

為了某人的關(guān)系，高木警官竟然把快要掉下去的炸彈重新移到身邊，通過對高木警官影像的分析柯南鎖定了監(jiān)禁的地點為北海道，寒鴉和只會在寒冷北海道北海道出現(xiàn)的日柱現(xiàn)象證明的柯南的觀點，但他們依舊無法找到監(jiān)禁高木警官的高層。高木警官故意踢下去的布引起的柯南的注意，在認(rèn)真查看過影像后他找到了答案。

在小蘭的跆拳道社學(xué)姐鏡堂奈奈美的邀請下，少年偵探團的眾人來到了鏡堂家尋找傳聞中的寶藏，非常熱衷建筑的上一代家主鏡堂征太郎在這座宅邸中設(shè)下了各式各樣的機關(guān)，而沒有入口和窗戶的暗黑之塔也是其中之一，而在奈奈美帶領(lǐng)他們在宅邸四處參觀時突然聽到了女性的慘叫聲，奈奈美的母親不幸從塔上墜亡，前去調(diào)查兇手的途中灰原卻不見了蹤影。