諸葛亮（唐國強飾）來到先帝靈位之前痛苦不已，決定親自率領大軍再次討伐魏國。此時，大將關興不幸去世。魏國派遣司馬懿為大都督迎戰諸葛亮。司馬懿識破諸葛亮計策，蜀軍先鋒部隊大敗而歸。司馬懿知道蜀軍運送糧草不便，開始閉門不戰，以拖延蜀軍戰機。諸葛亮設計木牛流馬，以運送糧草，準備持久戰。司馬懿仿制木牛流馬，卻不知已中諸葛亮之計，魏軍大敗，諸葛亮設計獲得魏軍大量糧草。此役之后司馬懿更加閉門不戰，諸葛亮心急如焚，設法誘敵出戰。

劉備（孫彥軍飾）投靠劉表后，劉表將其置于新野城來對抗曹操（鮑國安飾）。劉備兵敗，在逃難中巧遇司馬徽，司馬徽告訴劉備欲成大事需有謀士相助，并提出臥龍鳳雛二位曠世奇才。劉備在荊襄之地遍訪名士，遇徐庶來投，拜為軍師。此時曹操派兵駐扎樊城伺機攻打新野，徐庶用計挫其銳氣，巧奪樊城。曹操得知劉備陣中有能人相助，打探得知徐庶是孝子，于是騙來徐庶老母，強迫徐庶來投靠自己。

劉備（孫彥軍飾）第二次尋訪諸葛亮，得知諸葛亮（唐國強飾）正在云游，不知歸期。張飛（李靖飛飾）勃然大怒，欲綁諸葛亮來見劉備，遭劉備痛斥。四日后劉備第三次求見諸葛亮，終得見。誰知諸葛亮正臥榻，劉備在屋中靜等。三訪臥龍，諸葛亮終感劉備誠意，與劉備促膝長談。長談中諸葛亮提出三分天下之設想，劉備恍然大悟，定下先取荊州、后奪益州的目標。劉備終得諸葛亮，在新野城操練兵馬，準備抵抗曹操。另一方面，曹操（鮑國安飾）正籌劃舉兵百萬，奪取荊州，攻打孫權。

劉璋請劉備（孫彥軍飾）帶兵入川抵抗張魯，手下謀士諫言不要請劉備入川，因為劉備早已有吞并蜀中之意。劉璋因與劉備是同宗兄弟，所以不聽諫言，開城迎接。龐統設計欲在酒宴之時讓魏延舞劍助興，實則是殺掉劉璋，進兵成都。劉備阻止了龐統，就在這時，張魯帶兵直奔葭萌關。孫權（吳曉東飾）欲出兵荊州，但吳國太念女兒安危，阻止出兵，于是張昭設計謊報吳國太身體抱恙。孫尚香中計，帶阿斗而去，中途被趙云與張飛（李靖飛飾）攔下。

魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。