一個(gè)男子走路的時(shí)候差點(diǎn)被意外墜落的鋼筋砸到，雖然撿回了一命但也因此而昏迷，所幸他被少年偵探團(tuán)發(fā)現(xiàn)，為確認(rèn)身份，大家打開(kāi)了他隨身攜帶的包，卻發(fā)現(xiàn)里面有繩子、手套和遺書(shū)，難道他準(zhǔn)備自殺？這時(shí)，這個(gè)叫真中的男子醒了過(guò)來(lái)，可他卻失去了記憶，光彥認(rèn)為他一定是遇到困難所以才想不開(kāi)，便決定幫助他，但隨著調(diào)查的深入，柯南卻發(fā)現(xiàn)了一個(gè)陰謀……

這天小五郎回到事務(wù)所后小蘭告訴他說(shuō)說(shuō)英理前來(lái)拜托希望在她出門(mén)的這段時(shí)間里可以把這只名叫五郎的俄羅斯藍(lán)貓寄養(yǎng)在事務(wù)所。小蘭把貓咪五郎托給小五郎照料后便去上學(xué)了。在她走后，有一個(gè)自稱為桐下的男人來(lái)到了事務(wù)所。桐下拜托小五郎幫忙解讀自己女兒誤發(fā)來(lái)的手機(jī)短信。因?yàn)槎绦诺膬?nèi)容像是什么暗號(hào)，桐下無(wú)法破解其中的含義。而在貓咪的提示之下小五郎也發(fā)現(xiàn)了暗號(hào)的意義。

小蘭、園子和柯南在打掃工藤家的房子時(shí)，門(mén)鈴?fù)蝗豁懫穑@個(gè)人正是出演女高中生偵探小雪的上戶彩，她急匆匆跑來(lái)是想要拜托新一找一位關(guān)系要好但如今不知去向的老奶奶，柯南在不暴露身份的情況下詳細(xì)詢問(wèn)了奶奶離家出走時(shí)的情況，這時(shí)，園子說(shuō)她知道老奶奶的所在，于是，一行人來(lái)到了社樂(lè)紀(jì)念館，遺憾的是柯南等人趕到時(shí)，老奶奶已再次離去，他們能找到老奶奶嗎？

根據(jù)死者筆記的記載，怪盜基德也很有可能混在這次尋寶活動(dòng)中，突然天降大雨，少年偵探隊(duì)進(jìn)入了大宅院內(nèi)機(jī)關(guān)重重的房子，元太認(rèn)為寶物一定就在房屋的最高層，便急著前往，不想剛踏上樓梯就踩中了機(jī)關(guān)，所幸被屋子里的一位尋寶獵人所救，之后柯南等人與他一起行動(dòng)，期間還碰到了另外兩位尋寶獵人，因?yàn)樵拇中模蠹业袈湮葑拥淖畹讓樱瑳](méi)想到這里居然白骨遍地。

情況危急，柯南立刻給江尻做人工呼吸，并讓阿笠博士帶著他搭乘漁夫井田的船趕往醫(yī)院，當(dāng)白根和金谷想要一同前往時(shí)，柯南卻出口阻撓，因?yàn)檫@起案件是蓄意謀害，而在這條防波堤上的所有人都有犯案的可能，現(xiàn)在能做的就保護(hù)犯案現(xiàn)場(chǎng)等待警察的到來(lái)。期間柯南對(duì)現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行調(diào)查發(fā)現(xiàn)了一些線索，并在阿笠博士打來(lái)電話報(bào)告情況后，排除了井田犯案的嫌疑，那么制造這起案件的就是白根和金谷中的一人。