中午，昏昏欲睡的柯南和小五郎被樓下的一聲巨響驚醒，趕到現(xiàn)場(chǎng)后發(fā)現(xiàn)一名駕駛摩托車的年輕人出車禍而死，他的旁邊散落著大量現(xiàn)金，柯南還發(fā)現(xiàn)了一封信和一盒裝有注射藥物的盒子，根據(jù)信的內(nèi)容推斷出這是為贖一個(gè)叫堂本的人而準(zhǔn)備的現(xiàn)金，警方順藤摸瓜到了堂本家，家人也都肯定了堂本被綁架的事實(shí)，柯南從女仆那里了解到堂本家的內(nèi)部關(guān)系后，認(rèn)定這并不是一起簡(jiǎn)單的綁架案。

與黑衣組織的戰(zhàn)斗告一段落，又回到了平靜的生活。某天，少年偵探隊(duì)獲知同樣就讀帝丹小學(xué)的雨宮翔子突然消失，據(jù)說她和灰原十分相像，莫非黑衣組織的魔爪已經(jīng)深入學(xué)校？為找到翔子，放學(xué)后大家展開了調(diào)查，期間還遇到神色可疑的老師，之后一行人找到了翔子失蹤前來過的便利店，并得知她在這里買了飲料、牛奶和小刀片，就在柯南他們百思不得解時(shí)，由美出現(xiàn)……

當(dāng)前可以確定的是，歹徒已經(jīng)以賓客的身份潛入了婚禮會(huì)場(chǎng)，于是，警方讓新娘躲在門后觀察可疑賓客，最終將目標(biāo)鎖定在三個(gè)可疑人身上，就在警方想要采集這三個(gè)的指紋時(shí)，新郎卻不耐煩的拉著新娘盡快完婚，而這時(shí)，柯南已經(jīng)知道了歹徒的身份，他借小五郎之口指出歹徒，那么，得知真相的警方會(huì)有何行動(dòng)？由美和佐藤警官又有什么秘密計(jì)劃？

柯南、小五郎和小蘭一起到神話故鄉(xiāng)出云旅游，并在這里認(rèn)識(shí)了兩情相悅卻無法在一起的江角榮子和福間良介，次日，警察在豬目洞窟發(fā)現(xiàn)了江角的未婚夫鱷淵的尸體，經(jīng)過篩選，具有殺人動(dòng)機(jī)的有四個(gè)人，除去江角、福間還有藤江和石飛，有目擊者說曾見過福間出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)，可福間卻對(duì)此沉默不語像是在保護(hù)什么人，而江角也和福間出現(xiàn)相同的情況，為證明二人的清白，柯南能找到什么樣的證據(jù)？

正影的三弟子之一姬宮遇害后，警方匆忙趕來調(diào)查并對(duì)屋內(nèi)所有人一一進(jìn)行偵訊，正影的妻子滿里太太說，被翻亂的資料室內(nèi)有記載正影自創(chuàng)魔術(shù)的筆記本，而且在五年前曾有一個(gè)戴著帽子和墨鏡的男人找過正影，于是，大家正影的房間希望能從他的相冊(cè)中找到這個(gè)可疑男人，柯南和服部也在這里有了新發(fā)現(xiàn)，就在這時(shí)，和葉和小蘭回想起了看到尸體時(shí)的怪異場(chǎng)景。