董卓見呂布戰(zhàn)敗，盟軍勢大，燒洛陽，逼獻帝遷都長安。盟軍入洛陽，各起異心。孫堅在宮井中得到傳國玉璽，率軍返回江東。曹操（鮑國安飾）與袁紹發(fā)生摩擦，去了揚州。盟軍瓦解。接著軍閥又開始火并。袁紹攻公孫瓚，被趙云所救。趙云（張山飾）本是袁紹部將，見袁紹無忠君救民之心，于是棄袁紹而投了公孫瓚，但不受重用。在江東，孫堅攻荊州，被劉表軍士用亂箭射死。此時，司徒王允在長安設(shè)下連環(huán)計，讓董卓和呂布為爭奪歌JI貂嬋而發(fā)生沖突，董卓被殺。董卓部將又反撲過來，殺了王允全家。在軍閥混戰(zhàn)中，青州黃巾又起，曹操前往收降了三十余萬人，擇精壯者編為青州軍，其余軍士放歸務(wù)農(nóng)，從此威名大振，朝廷封曹操為鎮(zhèn)東將軍，屯駐兗州。這時，曹操老父被黃巾降將所害，操為報父仇，盡起兵馬親討降將新主徐州陶謙。劉備從公孫瓚處借趙云和兵馬解救陶謙，曹操因呂布助張邈奪取兗州而退兵，徐州解圍。陶謙三讓徐州，劉備終受，暫管徐州軍政事務(wù)。曹操與呂布混戰(zhàn)，收復(fù)兗州。

佐助這次帶回來的信息并不樂觀，去過輝夜之城的他遇到了兩個強大的對手，大筒木金式與大筒木桃式，擺脫兩人的攻擊后佐助立刻趕了回來。博人準備去找父親理論的時候在門口撞見了佐助，想要打敗父親的博人打算拜佐助為師，但佐助開出的條件卻是讓他先學會螺旋丸。

白夜團利用民眾游行包圍了雷門公司，但他們真正的目的則是片助的科學忍具研究所。當大家的注意力全被雷門公司吸引時白夜團搶走了研究所的忍術(shù)資料，鹿臺意識到這一點后立即與博人等人趕了過去，他們依靠片助的跟蹤器找到了白夜團，在同伴們的掩護下鹿臺和博人追了上去，他們能阻止白夜團的陰謀嗎？

電氣的忍術(shù)課成績很差，繼續(xù)下去他就要面臨留級的危機，不愿意留級的他無意間提到了一直沒能畢業(yè)的巖部。巖部并沒有因為電氣的言論生氣，他反而主動幫助不得要領(lǐng)的電氣，得知巖部的文化課沒有進展時電氣也伸出了援手，相互幫助的兩人都得到了提升。自信滿滿的巖部和電氣趕往考場，但在途中卻看到了火災(zāi)現(xiàn)場。

第三場考試是個人戰(zhàn)，考試將以淘汰賽的規(guī)則進行，第一場是博人對戰(zhàn)云隱的尤魯伊。尤魯伊的口香糖能通過注入查克拉成為觸媒，滿場的泡泡一碰就爆炸，陷入劣勢的博人再次使用了科學忍具。之后的淘汰賽都非常精彩，木葉的下忍們表現(xiàn)的尤為突出，而最后一場比賽，蝶蝶對上的是我愛羅的養(yǎng)子新希。