魏軍與蜀軍交兵于祁山，司馬懿（魏宗萬飾）屢次中計，于是閉門不出，以逸待勞。劉禪恢復了諸葛亮丞相的職位，但這時諸葛亮的身體已經大不如前。諸葛亮設計引魏軍出戰，司馬懿與諸葛亮斗智斗勇，知道這是諸葛亮的誘敵之計，于是分兵兩路夾擊蜀軍，諸葛亮也做好了周密的部署，分兵四路對抗魏軍。此時魏延（王心海飾）已經有了反心。魏軍慘敗。諸葛亮卻重病倒下，全軍撤回漢中。一年后魏軍率兵四十萬直逼漢中，諸葛亮訂下退敵之策準備再出祁山。連降秋雨，魏軍冒雨而退，諸葛亮乘勢再出祁山。

周瑜（洪宇宙飾）用計除掉了曹軍的水兵將領蔡瑁等人，并讓魯肅去試探諸葛亮（唐國強飾）是否知道此計。諸葛亮看到魯肅，便和他聊起何為明將帥之道和《七十二侯圖》的妙用。諸葛亮突然說出周瑜的計策令魯肅深感意外，并告訴魯肅不要對周瑜說出自己知道此計，恐周瑜加害自己。周瑜知道諸葛亮如此料事如神，便出十日內造十萬支箭的難題來加害諸葛亮。諸葛亮答應只需三日，并立下軍令狀。魯肅知道諸葛亮大禍將至，便說偷偷送他走。諸葛亮拒絕，向魯肅借了二十只船，少許軍士，備齊鼓樂，各扎草人一千余個，并讓魯肅這次不要告訴周瑜。三日后夜晚，諸葛亮邀來魯肅，在船中撫琴飲酒，借著夜色和大霧，命船隊駛向曹營。魯肅不解其意，恐慌不已。待船隊靠近曹營，諸葛亮命軍士點燈吶喊，鼓樂齊響。曹操（鮑國安飾）誤以為周瑜來犯，恐其借大霧埋伏，便命弓弩手亂箭退之。天亮霧散時，十萬支箭已獲，曹操才知上當。諸葛亮說出玄機，魯肅佩服至極，周瑜自愧不如。為破曹軍，諸葛亮和周瑜不謀而合，定下火攻之計。

周瑜（洪宇宙飾）向魯肅等人安排一定要輔助主公成就大業，向孫權（吳曉東飾）推薦魯肅繼任己位。周瑜臨終前大呼“既生瑜，何生亮？”諸葛亮（唐國強飾）得知周瑜死訊，他說服劉備（孫彥軍飾）等人前去吊孝。小喬把周瑜佩劍贈與魯肅，魯肅得知諸葛亮來吊孝，派諸葛謹前去勸回，諸葛亮謝絕，執意要來。程普等人聞訊預謀殺害諸葛亮，魯肅向孫權表明心意，不可殺諸葛亮。祭祀之日，諸葛亮痛哭前來，甘寧拔劍刺向諸葛亮，趙云出劍擊落甘寧之劍。魯肅命程普等人住手，要善待嘉賓。諸葛亮雙手捧劍于程普面前，程普無奈接下。諸葛亮來到周瑜靈前，痛哭中訴說著周瑜一生的輝煌成就，自己也永遠失去一位知己。小喬說出周瑜遺愿：“孫劉交好，以抗曹操（鮑國安飾）。”權觀諸葛亮祭奠之情，對世間流傳公瑾與孔明不和之說不再相信。諸葛亮臨別時告訴魯肅退曹之策，魯肅謝過，感到諸葛亮多情，而周瑜度量太窄。諸葛亮遇見龐統，留給他薦書，希望他來荊州。龐統經魯肅舉薦去見孫權，孫權見他容貌古怪，未能重用。劉備見龐統前來，任他做縣令。三月后，張飛（李靖飛飾）前去視察，看龐統三月不理政事很是氣憤，后觀龐統斷案如神，便把他請回。劉備再見龐統表示慚愧，問諸葛亮為何不修書推薦，

伊籍向劉備（孫彥軍飾）呈上了關羽的求救書信，說明了關羽的情況。此時廖化趕來說明孟達不愿相救。而后士卒來報關羽和其子關平被孫權（吳曉東飾）殺害。張昭進諫吳侯將關羽首級送給曹操（鮑國安飾），讓劉備誤為殺關羽乃曹操之意，東吳便可安全了。曹操被關羽首級嚇到，封其荊王，以王侯之禮葬之。諸葛亮（唐國強飾）推測吳魏所為都是在將殺死關羽之責推于對方，進諫劉備不可興師問罪，先給關羽發喪。曹操安葬關羽后，心神不安，據傳洛陽行宮也常發出異聲怪響，決議另造新殿居住。有一棟梁樹木，工匠斧鋸皆不能伐之，曹操親自拔劍砍之，被樹噴出紅色液體于身上，頓時大驚失色，惶恐離去。曹操回去后頭痛難耐，派人去找華佗，華佗說要打開頭顱，方可去除病根。曹操聽后華佗說自己為關羽刮骨去毒之事，便疑心華佗是想謀害自己為關羽報仇，即命人對華佗嚴刑拷打，華佗臨終前把醫術之書傳給了照顧自己的獄卒。曹操臨終前命眾臣輔佐曹植繼位，且不要讓后人知道自己的墓穴之地。

劉備（孫彥軍飾）拜諸葛亮（唐國強飾）為軍師，張飛（李靖飛飾）、關羽（陸樹銘飾）等人非常不屑。曹操令夏侯惇（魯建國飾）為都督，領兵十萬，直奔新野征討劉備。諸葛亮令趙云（張山飾）去誘敵深入，然后火攻。夏侯惇中計，大敗逃走。劉備全勝，張飛、關羽等對諸葛亮心悅誠服。劉表（張達飾）病重，欲將荊州托付給劉備，劉備拒絕。曹操五十萬大軍南下，荊州形勢岌岌可危。劉表亡故，蔡瑁廢長立幼，欲舍地給曹操保己平安。為抵御曹兵，諸葛亮出謀火燒新野。