與黑色組織面對(duì)面 滿月之夜的兩起神秘事件(之二)灰原一人在家等新出醫(yī)生接她看病的時(shí)候，茱蒂老師居然出現(xiàn)在門外。另一邊，幽靈船上的宴會(huì)剛開始，船長(zhǎng)就被不明人士用十字弓射殺，而在他的胸前還出現(xiàn)了一張惡魔牌，在對(duì)工作人員進(jìn)行詢問之后，小五郎認(rèn)為兇手就是與自己一組的但將惡魔牌遺失的木乃伊，以此同時(shí)，和小五郎同組的隱形人獨(dú)自一人展開了調(diào)查，并且還發(fā)現(xiàn)了不少線索，他利用廣播將船艙內(nèi)的客人叫的甲板，在揭秘兇手及其犯案手法之前，他拆掉了自己的偽裝……

追蹤光彥而來到群馬縣山中的柯南他們，得知一名連續(xù)殺人犯逃入了同一森林中。沿著小河走的光彥與推理中的柯南用偵探徽章呼叫他時(shí)，光彥被殺人犯逮著。哀告訴柯南沼淵原來是組織的成員。柯南正要告訴哀光彥來此的目的時(shí)，光彥的徽章聲音迫近了。終于在眾人找到光彥的時(shí)候驚訝的發(fā)現(xiàn)他和光彥在一起！原來兩人都只是為了來看螢火蟲。

帶著小蘭抽到的一張餐飲招待券，柯南一行人來到中華街的一家餐廳，并在那里與剛結(jié)識(shí)的幾名電影相關(guān)人士同一桌吃飯，只是沒有想到坐在柯南旁邊的川端突然毒發(fā)身亡，之后，警方介入調(diào)查但并未從川端的衣物上檢查出毒物反應(yīng)，反而從他使用的盤子和毛巾上測(cè)出毒物，警官便因此懷疑坐在死者身邊的小五郎。而另一邊，身體不適的小蘭也不知所為何事而心事重重。

柯南和阿笠博士從板倉(cāng)的日記磁片中果然找到了他與黑暗組織接觸過的線索，這讓柯南興奮不已，于是兩人立馬趕往板倉(cāng)的別墅，企圖找到板倉(cāng)所開發(fā)的系統(tǒng)軟體和黑衣組織發(fā)來的郵件，然而，讓他們沒想到的是，郵件竟然有密碼，如果在一定時(shí)間內(nèi)沒有打開，郵件將自動(dòng)刪除，而這將引起黑衣組織的懷疑，這時(shí)，屋內(nèi)的電話響起，從另一邊傳來沃克質(zhì)疑的聲音，柯南和阿笠博士該如何應(yīng)對(duì)？

朱蒂向小蘭和園子坦白了自己FBI的身份，而朱蒂還向小哀提議加入證人保護(hù)計(jì)劃。另一方面從學(xué)校回來的路上步美與柯南他們分手后徑自往家走。突然她和一個(gè)穿雨衣的男人撞在一起并倉(cāng)皇離去，而這個(gè)人卻是殺人嫌疑犯！在警方的調(diào)查中步美說出手上發(fā)現(xiàn)了一個(gè)類似""5""似的記號(hào)，而這個(gè)記號(hào)究竟又是什么意思呢？