少年偵探團(tuán)幫隔壁班浩樹找貓的時(shí)候，無意中在一戶人家的浴室里發(fā)現(xiàn)尸體，柯南趕緊叫來警察調(diào)查，開門的是一個(gè)脾氣很差的大叔，柯南沖進(jìn)浴室卻發(fā)現(xiàn)尸體不見了，而這個(gè)大叔卻表示什么都不知道，自己則回二樓去睡覺讓警察隨便找，這時(shí)，臭脾氣大叔的弟弟回家并幫忙一起尋找，經(jīng)過一天的搜查，警察無獲而返，但是不甘心的偵探團(tuán)在夜里繼續(xù)調(diào)查，柯南一人潛入，卻遇到了危險(xiǎn)……

小川醫(yī)生這兩年來不斷收到未署名的錢和玩具，實(shí)在是不知道來歷，于是前往毛利偵探事務(wù)所求助。在柯南的提示下小五郎推理出玩具其實(shí)是中古品，而小蘭也因此開始懷疑起柯南的身份。在前往小川醫(yī)生工作的醫(yī)院調(diào)查過程中看到柯南翻閱病例的小蘭對(duì)柯南的懷疑也進(jìn)一步加深。最終柯南在千鈞一發(fā)之際成功解救了小川醫(yī)生的孩子。而柯南也成功化解了小蘭的懷疑。

少年偵探團(tuán)，在機(jī)緣巧合下和最受歡迎組合TWO-MIX的主唱高山美奈美一起吃飯，高山為找搭檔永野椎菜，一人跑出了演唱會(huì)的會(huì)場(chǎng)。后來在餐廳外，歹徒當(dāng)著柯南的面將高山推入車中綁架，他們要求少年偵探團(tuán)拿著TWO-MIX最新的歌曲練習(xí)帶去交換人質(zhì)，歹徒在電話里讓少年偵探團(tuán)把警察甩掉并讓步美一人前去，于是柯南和步美調(diào)換身份。

身體變小后柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，并結(jié)識(shí)了步美、光彥和元太。某日，明星洋子來到毛利偵探事務(wù)所，說總感覺有人暗中監(jiān)視她，為了更進(jìn)一步了解真相，毛利一行人來到洋子住處，可開門后居然有具死尸橫在門口，期間柯南發(fā)現(xiàn)了另一名演員優(yōu)子的耳環(huán)并且還注意到洋子的經(jīng)紀(jì)人山岸神態(tài)怪異，洋子、山岸、優(yōu)子到底誰才是真正的兇手。

經(jīng)過小五郎和警察和志的勘查，推斷出由美并非自殺而是他殺，小五郎也下定決心要為由美報(bào)仇親手揪出犯人，并將目標(biāo)鎖定在阿淳、和志、行雄和紀(jì)子剩下的朋友中，這時(shí)，阿淳說自己曾在五點(diǎn)的時(shí)候看到過由美，案件出現(xiàn)了矛盾，死于下午三點(diǎn)的由美怎會(huì)在五點(diǎn)的時(shí)候出現(xiàn)，這到底是鬼魂還是兇手為了蒙蔽大家采取的手段？