根據(jù)這個(gè)如此漏洞百出的犯案現(xiàn)場，柯南推斷前來拿走照片的人并不是黑暗組織，為查明真相，柯南讓店長分別給三個(gè)有備份鑰匙的人打電話詢問他們的行蹤，卻并未發(fā)現(xiàn)有何異樣，然而，一切都逃不過柯南敏銳的眼睛，他將凳子上汗?jié)n與這三個(gè)人是身形相聯(lián)系，斷定拿走照片的人就在他們之中并且這個(gè)人現(xiàn)在就在房間里。

對(duì)三天后即將失效的殺人案兇手不斷發(fā)出挑釁言論的犯罪心理學(xué)家平棟堂次，在自己家中遭到殺害，兇手在他的背上刻下了Z字型傷痕。為找尋更多的線索，柯南等人跟著高木警官來到了二十年前的受害人家中詢問相關(guān)案情，雖然只得到了零星線索，但柯南卻將它們串聯(lián)起來并發(fā)現(xiàn)了共同點(diǎn)，那就是這四名被害者或許是一起打麻將的牌友，于是，高木和柯南等人決定順藤摸瓜，逐一調(diào)查他們可能去過的麻將館。

小林老師在圖書館里發(fā)現(xiàn)了一個(gè)牛皮錢包，那里放了小學(xué)一年級(jí)時(shí)小蘭留的字條。事情追溯到十年前，為證實(shí)謠言的真假，小蘭和新一夜訪校園，不想?yún)s在學(xué)校圖書館遇到了一個(gè)自稱是新一弟弟的神秘男子，他向新一發(fā)出挑戰(zhàn)并在留下了一個(gè)裝有暗號(hào)的牛皮錢包后離開。于是，新一和小蘭二人就在阿笠博士的幫助下展開了解謎暗號(hào)的尋寶之旅！

柯南、少年偵探團(tuán)、哀、阿笠博士來到阿笠博士友人所在村莊觀光，在夜晚的溪邊等待放螢火蟲時(shí)，村長的兒子中嶺和助手垂水乘坐運(yùn)送螢火蟲的貨車到達(dá)。垂水打開貨車上的箱子，螢火蟲便成群結(jié)隊(duì)的飛了出來。元太為了要抓螢火蟲，爬上了貨車，隨手拿走了貨車上的手電。在大家陶醉于欣賞螢火蟲時(shí)，助手垂水接到一通中嶺打來的電話，說中嶺在烏帽巖，救命。柯南等人到達(dá)時(shí)，發(fā)現(xiàn)中嶺已經(jīng)死在車內(nèi)，地上放著疑似有毒的飲料瓶，車內(nèi)還飛著一只……螢火蟲。。。

工藤收到屋田誠人的信，信上說他一年前辦的案子有差錯(cuò)讓他重新調(diào)查，于是，在服部、小五郎等人的陪伴下他們一起前往那個(gè)村莊。柯南只身來到了信上所說的地址，不想被關(guān)進(jìn)了小木屋，就在這時(shí)，他因?yàn)檎`食解藥的身體開始發(fā)生變化，逃脫期間掉進(jìn)了旁邊的湖里，被人發(fā)現(xiàn)時(shí)他已經(jīng)失去記憶。為了讓他想起過去，服部一行帶著新一來到了當(dāng)時(shí)的案發(fā)現(xiàn)場日源村長家，并在這里碰見了記者河內(nèi)深里以及屋田誠人的同學(xué)水川萌生。