小五郎參加電影《死神陣內(nèi)》試映會時(shí)，主演南條的太太拜托他幫忙處理最近收到的恐嚇信，但南條卻不以為然。夜晚各家媒體守在南條公司下等待死神陣內(nèi)的出現(xiàn)，可沒想到死神真的出現(xiàn)了，在大家追死神的時(shí)候，南條被殺，警方在兇案現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了許多黑色絕緣膠帶，一波未平一波又起，去六樓的南條經(jīng)理人吉野遭到槍襲，大家都認(rèn)為電臺導(dǎo)演大野嫌疑最大，但大野卻說有一個(gè)人比他更有殺人動(dòng)機(jī)。

柯南和小蘭受邀請一起去參加初中老師松本的婚禮，沒想到婚禮還沒有開始老師就被人蓄意下毒而生命垂危。松本老師有一個(gè)習(xí)慣，就是非常喜歡喝檸檬茶，因?yàn)槟鞘撬r(shí)候的初戀情人最常拿給她喝的飲料。而犯人正是在檸檬茶里下毒來毒害松本的。在觀看了錄像之后柯南發(fā)現(xiàn)了犯人的目的，最后柯南讓兇手現(xiàn)出原形，但是卻也道出了一段令人心酸的往事。

這時(shí)，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個(gè)人！可是該通過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時(shí)，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

小五郎等人代替感冒的阿笠博士到伊豆參加推理之旅。活動(dòng)規(guī)定，如果能夠找出推理之旅的主辦人就可以免費(fèi)住宿并可獲得一個(gè)包含某種病毒程序的磁盤。但是在旅途中不知什么人扮成暗夜公爵把柯南從欄桿上推了下去！之后柯南打電話詢問阿笠博士關(guān)于程序的事情得知了病毒的事情。晚餐后回房間時(shí)柯南和小蘭偶遇和明子發(fā)生口角的前田并被前田邀請卻觀看夜景。就在這時(shí)暗夜公爵卻墜樓生亡！

某日，一個(gè)自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因?yàn)樗宄履霞业牡准?xì)以及他的真實(shí)身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時(shí)再次候被抓，他聽到了那個(gè)女人和一個(gè)面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向……