董卓欲廢舊立新，自己登基做皇帝。董卓在京城濫殺無辜，一片暴亂。袁紹曹操（鮑國安飾）丁原等人反對董卓此舉，董卓舉兵殺向丁原，不料丁原手下呂布勇武。手下謀士提議說服呂布來投，只需赤兔即可。呂布被策反，取丁原頭顱投靠董卓，董卓依靠呂布再次召集眾臣商議廢除皇帝之事，再次遭到袁紹曹操的反對，董卓不顧反對，進軍長安，垂簾聽政。

曹操（鮑國安飾）為除后患密謀要殺劉備，陳登識破此計看穿，助劉備奪回徐州。但是曹操兵多將廣，劉備憂心忡忡。陳登獻計求北方袁紹出救兵以夾擊曹操。袁紹生性優柔寡斷，暫未出兵。經眾大臣商議，最終袁紹聽從許攸直言，發兵曹操。曹操亦不示弱，一方面派兵在徐州虛張聲勢，另一方面起兵抵抗袁紹。劉備（孫彥軍飾）識破曹操軌跡，派關羽張飛生擒對方敵將。

博人拜師佐助受挫后找到了片助，在研究所他得到了一個科學忍具，利用科學忍具他在佐助面前使出了完美的螺旋丸，佐助雖然看破但卻沒有說出來。尋求查克拉的大筒木一族已經開始了行動，金式和桃式首先找到了八尾人力柱奇拉比。與此同時，中忍考試即將開始，博人和同伴們都在積極的準備。

大筒木一族三人突襲中忍考試會場，目的是回收鳴人的尾獸查克拉重新種植神樹，煉制長生不老的丹藥。佐良娜險些被大筒木金武襲擊，佐助登場救女兒。鳴人被大筒木桃式一腳踢飛，博人用科學忍具接連反擊，力量卻被對方吸收據為已用。鳴人開啟九尾模式對抗大筒木，他守護村子的身影感化了博人。

卡卡西沒有留給博人反抗的機會，他指出博人缺少忍者的覺悟，并直言忍者學校的眾人全都沒有真正重視忍者這個職業，而這全都是受到了博人的影響。巳月和巖部趕到后救走了博人，卡卡西的話讓博人非常自責，但同伴們卻認為博人帶給自己的更多是積極的一面，在同伴們的鼓勵下博人重新振作了起來，新一輪的攻防開始了。