當(dāng)小五郎準(zhǔn)備再度去詢問(wèn)南里薰，卻在門外聽到她的慘叫，還不等小五郎沖進(jìn)去，就從屋子里匆忙跑出了一個(gè)男子，幸運(yùn)的是南里薰并沒有被殺害，醒來(lái)之后，南里薰說(shuō)起了自己突然消失的男朋友安西，從小五郎的照片上可以看出，這個(gè)人也曾出現(xiàn)在米花飯店，這些原本不相識(shí)的人，因?yàn)檫@件古怪的命案被聯(lián)系了起來(lái)，柯南將安西、南里薰和美奈子一起找來(lái)，這兩起經(jīng)過(guò)完美設(shè)計(jì)的命案，即將真相大白！

隔壁班的女生百合子找到少年偵探團(tuán)，拜托他們解開她從未謀面的曾祖父所留下的謎題，于是，大家在一位身份不明自稱是時(shí)鐘的男人的帶領(lǐng)下來(lái)到了謎題的所在——天使之館，當(dāng)晚九點(diǎn)，解謎游戲正式開始，元太和光彥、步美和灰原都在別館的不同地方發(fā)現(xiàn)了謎題中的無(wú)角牛，可是卻沒有更進(jìn)一步的發(fā)現(xiàn)。次日，柯南從另外一個(gè)角度思考謎面，并成功找到了第一個(gè)線索，沒想到這時(shí)卻……

因接到電視臺(tái)的邀請(qǐng)，小五郎便帶著柯南和小蘭飛到?jīng)_繩，參加一個(gè)與職棒選手能勢(shì)和主持人本山對(duì)談的節(jié)目錄制。在機(jī)場(chǎng)與本山會(huì)合之后，一行人打算去能勢(shì)下榻的酒店接他，沒想到卻在半路發(fā)現(xiàn)了能勢(shì)的尸體，期間，本山的一句話讓柯南認(rèn)定他就是兇手，可能勢(shì)死亡的時(shí)候，他正在飛機(jī)上，因此有充分的不在場(chǎng)證明，那么，他到底是如何往返于兩個(gè)地方犯案的？

少年偵探隊(duì)按照暗號(hào)分別找到了剩下的兩個(gè)時(shí)光保存罐，卻發(fā)現(xiàn)在此之前有人曾將它們挖出來(lái)過(guò)而且最后一個(gè)發(fā)現(xiàn)的時(shí)光保存罐里面竟然有一封信，將所有的字條擺在一起，真相也愈發(fā)明晰，柯南在阿笠博士的幫助下揭露了真兇，沒想到事情的癥結(jié)可以追溯的十五年前……

笹本安太郎和神尾總是遭到大學(xué)時(shí)期同在推理研究會(huì)的日影的襲擊，因?yàn)閷?shí)在無(wú)法忍受這種恐懼，在笹本的提議下他們找到了小五郎，神尾說(shuō)日影曾寄給他一份小說(shuō)的原稿，而里面的內(nèi)容完全是如何殺人，而且他們的另一位同伴就死于小說(shuō)中的手法，調(diào)查期間，神尾遭到炸彈襲擊， 笹本則差點(diǎn)被車撞傷，就在警察將注意力都放在搜索日影時(shí)，柯南卻認(rèn)為兇手另有其人。