深夜從酒館醉醺醺出來的小五郎在回家的路上差點被建筑鋼條砸死，回到家后又收到了一條恐嚇他的短信，就在他回想與誰結(jié)仇的時候，小蘭發(fā)現(xiàn)這根本不是小五郎的手機，外套也是一個叫木村的，雖然被威脅的人不是自己的爸爸，但小蘭還是很擔心，在第二天調(diào)查的時候突然有一輛卡車沖向他們，所幸躲得快才沒有受傷，調(diào)查不斷深入，柯南察覺到了其中的端倪……

柯南和服部必須在第九局下半場前解開暗號，可是時間已經(jīng)不多，這個空白暗號到底代表著什么，這時，柯南靈光一現(xiàn)想起了看臺上所缺少的17和22號門，但情況危急，必須爭分奪秒，之后服部和柯南推斷出了暗號所指的位子，沒到竟然就在小蘭她們附近，三人緊忙跑去，果然找到了第三支手機，根據(jù)手機上的數(shù)字，柯南很容易就找到了這個甲子園惡魔的位置，而他又有什么樣的苦衷？

倫子在密室中上吊死了。群馬縣的山村警官認為這是一起偽裝成自殺的密室殺人案而展開了搜查，并向純，享，耀治等人詢問情況。而三人案發(fā)時看起來也沒有什么異常。之后柯南留意到只有書架上的百科辭典沒有按卷數(shù)依次擺放的細節(jié)并找到了隱藏在書架里的密道并已毛利小五郎的省份給山村警官發(fā)送了提示短信最終將犯人抓獲。

柯南、步美等人從博士家里找到了一封四十年前來自博士初戀情人的信，信上除了說每十年在回憶的地點見面之外，還留下了一串像是暗示地點的數(shù)字，而今天剛好是四十年后的相約之日。經(jīng)過推理，他們一行人來到動物園，將信上的數(shù)字與動物入園的順序相結(jié)合，他們找到了飛鼠館，而正巧在他們的面前站著一位女性，她會是阿笠博士的初戀嗎？

警方聽過答錄機里的留言后，分別向留言的蓬田、檜垣和稻葉打電話確認，發(fā)現(xiàn)每個人都有不在場證明，雖然警察沒有頭緒，但柯南卻早已知道兇手是誰，可介于小林老師的暗中觀察，柯南不能表現(xiàn)的太過明顯，于是，他將自己的推理簡單告訴元太他們，讓他們分擔必要的說辭，提醒警察逐一排除其他兩名嫌疑人犯案的可能，那么，最有可能犯案的就是他！