這時，二樓傳來老師們的慘叫，柯南和小蘭跑上去發(fā)現(xiàn)下田被人勒死，柯南立即開始找兇器，但并未找到，唯一能確定的是，兇手就在中村、米原和坂井之間，接下來的搜尋中，柯南在下田脖子上發(fā)現(xiàn)了頭發(fā)，兇手就是那個人！可是該通過誰之口揭穿兇手呢，園子昏睡不了解案情，正值苦惱之時，他想到以工藤的的身份讓小蘭用便攜電話說出真相，而小蘭卻在得知真相后痛哭不已。

在酒店吃飯時，一個神色不安的人引起柯南的注意，柯南等人暗中跟蹤并進(jìn)一步詢問得知，此人名叫遠(yuǎn)藤，他的兒子被人綁架，為保兒子安全而沒有報警，小五郎決定幫他。次日，犯人打來電話要錢，遠(yuǎn)藤聽到了兒子說有螃蟹和鯨魚，這是找到犯人據(jù)點(diǎn)的唯一線索，小蘭、柯南和小五郎走街串巷的找有螃蟹和鯨魚的地方，柯南想起了漏掉的線索，順利找到有「螃蟹和鯨魚」的地方，將人質(zhì)解救。

某日，一個自稱柯南媽媽的陌生女人來接他，柯南第一反應(yīng)就是她可能是黑衣組織的人，因為她清楚柯南家的底細(xì)以及他的真實身份，期間，柯南雖趁機(jī)逃脫，但去找阿笠博士的時再次候被抓，他聽到了那個女人和一個面具男討論交易藥物的事情，待他們離開后柯南按照那伙人留下了線索找到交易地點(diǎn)，可不幸的是他行跡暴露，面具人對他槍口相向……

大名鼎鼎的巽律師找小五郎來酒店談事情，他希望小五郎可以找到自己妻子外遇的證據(jù)。晚上，小五郎等人經(jīng)過巽律師家時，看到有好多警察，原來是巽太太被人謀殺，柯南在現(xiàn)場發(fā)現(xiàn)了訂書針，而嫌犯最大的就是巽律師，可是兇案發(fā)生時他正和小五郎在一起，擁有完美的不在場證明，柯南決定重回酒店開始調(diào)查，洗衣輸送管，酒店鬧鈴聲還有訂書針，將這些串在一起，真相只有一個。

柯南和伙伴們?nèi)ッ佬g(shù)館時撿到了一張畫有奇怪符號的紙，大家自行成立少年偵探團(tuán)去調(diào)查這些暗號，按照符號的指示先到達(dá)東京塔，在周圍展開偵查卻一無所獲，休息的時候步美的新發(fā)現(xiàn)為柯南找到破解暗號的出口，大家一路尋找從東京鐵塔到南部水族館的標(biāo)記，然而，事情并非那樣順利，柯南能破解暗號嗎？暗中跟蹤少年偵探團(tuán)的黑衣人又是誰？