帝丹高中最近發生了不可思議的靈異事件，小蘭本想拜托小五郎調查卻被拒絕，所以由柯南出馬破解校園靈異事件之謎。期間，小蘭他們還遇到新出醫生，于是一行人在園子的帶領下首先來到了體育館，這里曾莫名的出現了兩年前就已死去的保坂的書桌，接著又來到了詭異的圖書館和導致保坂死去的樓梯，經過一圈查看，柯南已大致明白，就在這時，操場中間突然出現了保坂的書桌……

和葉與小蘭在廚房找食物的時候，柯南和服部也出現在那里，并且兩人又在椅子下面發現了奇怪的名字，絞盡腦汁想要破解這些文字含義的柯南與服部兩人卻因為和葉無意中的一句話而茅塞頓開，雖然知道了兇手是誰，但卻找不到決定性的證據，于是二人設下圈套讓兇手自投羅網，一切都按計劃進行，兇手果然有所行動，可他卻不知道等待他的是兩名偵探！

此次幽靈恐慌的第二天，柯南他們下榻的民宅的主人—永倉先生被人襲擊了。永倉先生雖然沒有生命危險，但是犯人是誰卻不得而知。警察以重要參照人為理由帶走了從在進行地球遺產登陸委員會那里派來的缺德調查官川治，但柯南卻發覺這其中不自然的地方，最終少年偵探團的各位找到了真正的犯人并將找出了幽靈少女的真相。

在公園與照顧貓的老奶奶大森靜結識的柯南他們，次日按約定來幫忙。但是，靜沒有出現，好象從前天起就沒回過公寓的樣子。為此擔心的柯南他們由于靜打理家務的女仆人的阻擾而沒能進靜的家得到線索。就在一愁莫展之時，帶著老婆婆絲巾的貓布魯斯出現在柯南他們面前。柯南推斷出婆婆肯能被他人綁架，少年偵探團開始解救婆婆的任務！

在園子的邀請下，小蘭和少年偵探隊來到奧谷湖舉辦的釣魚大賽，還在這里認識了有奪冠資格的鲇川沙織、鱒渕拓也以及擔任自由作家的船木敏彥一行人，在第一天比賽結束后的夜晚，鱒渕和船木似乎為了什么事情在澡堂發生了爭吵，沒想到第二天上午，就在園子等人釣魚的附近，發現了船木的尸體，警方立刻介入調查，水井說半年前也曾有人死在那里，柯南認為這絕不是巧合，而兇手恐怕就是鲇川和鱒渕其中之一。