少年偵探團(tuán)利用連休來到了京都，他們是為了乘坐神盾艦體驗(yàn)航海的樂趣，但跟著他們一起前來的園子、小蘭和小五郎卻對(duì)小吃和酒更感興趣。京都的日式甜點(diǎn)是小蘭非常喜歡的甜點(diǎn)，但她購買的老店中卻沒有了巧克力口味，慌忙跑進(jìn)來的社長(zhǎng)竟然稱所有分店的巧克力口味都憑空消失了，聽到小五郎名號(hào)的社長(zhǎng)急忙拜托調(diào)查。

在宅急便送圣誕蛋糕到阿笠博士家前，柯南等人在公園踢球消化腸胃，途中為了追把保羅咖啡廳當(dāng)做根據(jù)地的貓咪，他們不小心被關(guān)進(jìn)了宅急便的配送冷藏車內(nèi)。想辦法離開的他們看到了貨柜里的尸體，打算向外界求救時(shí)手機(jī)又恰好沒電，拿出手邊所有東西的他們準(zhǔn)備想辦法向外界求助。

備受期待的黑色玫瑰演唱會(huì)即將開始，因?yàn)殚T票而卷入麻煩的園子又遇到了錯(cuò)怪她的古奈遙小姐，而古奈遙被偷走的門票竟然以事發(fā)咖啡廳的名義高價(jià)拍賣。還沒有出勤的雅子自然成為了被懷疑的對(duì)象，但當(dāng)他們前去詢問時(shí)才發(fā)現(xiàn)雅子小姐已被人殺害，看似是偷竊殺人的現(xiàn)場(chǎng)卻讓柯南感覺到了強(qiáng)烈的違和感。

毛利偵探事務(wù)所突然出現(xiàn)了一個(gè)帶著手槍和炸彈的男子，他將小五郎、小蘭和在之前案件中結(jié)識(shí)的小蘭的新同學(xué)世良真純都挾持成人質(zhì)。這個(gè)名為沢栗熏的男子是一個(gè)月前在溫泉旅館自殺的推理小說家沢栗未紅的哥哥，他因?yàn)椴幌嘈琶妹玫乃朗亲詺?，因此前來要求沉睡的小五郎替他解開案件背后的真相，而他所帶來的三位女士也正是他懷疑的對(duì)象，他揚(yáng)言找到真兇后自己將會(huì)與對(duì)方同歸于盡，面對(duì)如此棘手的案件，柯南該如何解決平安救人質(zhì)？

從純夏女士的電話留言和宅司的表情中柯南看出了這并非是正當(dāng)防衛(wèi)，而是宅司利用自己太太的習(xí)慣策劃的謀殺，他的所作所為會(huì)讓夫妻之間走到盡頭。得知妻子沒有生命危險(xiǎn)的宅司從安心到負(fù)罪感到恐懼的變化驗(yàn)證的柯南的推理，他與灰原在阻止了宅司自殺后解除了夫妻倆的誤會(huì)，知道真相的宅司陷入了無盡的悔恨之中。