警方開始調查啤酒王子南北家O太郎的死因，大家都有不在場證明，小五郎斷言這是一場意外事故。但警方卻從Q次郎的尸檢報告中發現了疑點，經檢查發現Q次郎尸體肺部里的水并不是池塘水而是自來水，而O太郎的房間里發現了監聽器，上面還有Q次郎的指紋。更令人驚訝的是桌子上留下的指紋是O太郎的，而這指紋竟然與七年前搶劫殺人案犯人留下的指紋是一致的。

小五郎讓柯南和小蘭陪他一起去位于大分的別府溫泉旅行，說到別府溫泉最有名的莫過于地獄巡游之旅，就在小蘭和柯南興致勃勃討論的時候小五郎卻在一旁默不作聲。在柯南和小蘭的逼問下小五郎才說出了實情，這次的旅行目的是尋找仲代電氣社長的女兒麻奈美，柯南根據照片找到了麻奈美所住的旅館，但這僅僅只是開始。

和柯南推測的一樣，17年前殺害羽田浩司的兇手就是那個從現場消失的名叫淺香的保鏢，其真實身份是黑暗組織的二把手朗姆，除了這些從羽田的死亡訊息中得到的線索外柯南一籌莫展。就在柯南思索的時候聽到了電視臺打給毛利小五郎的電話，號稱靈魂偵探的堀田打算破解羽田浩司的案件，但當柯南和小五郎趕到指定賓館時又一起兇殺案發生了。

平次與和葉邀請小蘭和柯南一起去看彩燈，在等小蘭與和葉準備晚飯的期間，平次和柯南去樓下的白羅咖啡館打發時間，不料卻恰好遇到了一起殺人未遂的案件。受害者雖沒有生命危險，但血跡卻濺到了柯南和平次的臉上，二人本以為可以通過血跡找到真兇，萬萬沒想到店內的幾個客人身上均未發現血跡。正當案件調查一籌莫展時，店內一名自稱和田進一的男子突然念起一首和歌，平次和柯南馬上明白了此人的用意，并合力找出了真兇。

不久，王聰聰父親來找魏老師要求轉學，還將那本畫有漫畫的書拿給老師看，王聰聰父親覺得秋實小學的文化氛圍不行，米小圈和姜小牙以及鐵頭聽到非常驚訝，好不容易建立起來的友誼現在卻要中斷，他們給王聰聰辦了熱烈的歡送會。一天，米小圈的父親接到一個電話，是王聰聰父親打來的，兒子被帶回家自學，將自己關在書房很多天，不吃不喝，只提出要見米小圈，王聰聰父親趕緊把米小圈叫去，米小圈幾個鬼臉做完，王聰聰變又樂不可支了。經過這件事，王聰聰父親開始反省自己平時給米小圈的壓力太大，準備今后帶他經常出去玩玩，王聰聰終于肯出門了，平時在父親的高壓下學習，差點造成抑郁。而米小圈的父親覺得自己兒子非常健康，但是去到王聰聰家后，面對滿墻的獎狀，他也開始反省，是不是自己“散養”的教育方式才讓米小圈沒有王聰聰優秀，從王聰聰家回去，米小圈父親也特意騰出一間房子作書房，滿墻的書籍，滿墻的名人札記，米小圈看了直接嚇得暈倒！這天，米爸開心地宣布他們一家要到新馬泰旅游，米小圈興奮地向全班同學宣布，終于有吹牛的資本了，再也不被姜小牙比下去，可是萬萬沒有料到，父親訂單的旅游景點是在中國，并且標準的農家樂，只是名字起得如此大氣，米小圈大失所望，