17年前日本將棋四冠王羽田浩司遇襲案讓柯南非常在意，和他同日遇害的還有同一酒店的美國(guó)資本家阿曼達(dá)，柯南和灰原推測(cè)這是組織所為，但羽田浩司遇害時(shí)的房間卻不像是組織的一貫風(fēng)格。地產(chǎn)公司社長(zhǎng)被害時(shí)手里拿著阿笠博士發(fā)明的剪刀，目暮警官請(qǐng)阿笠博士來(lái)說(shuō)明剪刀的用途看是否能為破案提供幫助，柯南注意到這次的案件卻與17年前羽田浩司遇害案非常相似。

毛利小五郎帶小蘭和柯南到傳說(shuō)有天狗出沒(méi)的山里玩，路遇鄉(xiāng)土學(xué)者下村昌三。天色已晚，小五郎他們只好在民宿住上一晚。第二天，在小蘭的提議下，大家去附近的洞窟景點(diǎn)參觀，卻意外撞到鎮(zhèn)長(zhǎng)帶著天狗的面具，在洞窟懸崖上的祠堂上吊自殺。鎮(zhèn)長(zhǎng)為何要扮成天狗？他自殺的動(dòng)機(jī)又是什么？

柯南所在的班里來(lái)了一位新老師名叫若狹留美，若狹老師想在體育課前用石灰畫(huà)線，卻發(fā)現(xiàn)石灰已經(jīng)用完了。柯南告訴若狹老師舊倉(cāng)庫(kù)里可能有石灰，元太和光彥開(kāi)玩笑說(shuō)舊倉(cāng)庫(kù)有幽靈出沒(méi)，若狹老師感到很害怕，便拜托少年偵探團(tuán)一同前往舊倉(cāng)庫(kù)。在尋找石灰的過(guò)程中，柯南發(fā)現(xiàn)一扇通往地下的門(mén)，眾人合力打開(kāi)門(mén)后，卻驚人地發(fā)現(xiàn)了一具骸骨……

平次陪同和葉一起來(lái)到東京，準(zhǔn)備約小蘭與柯南一起去看彩燈。由于和葉要幫助小蘭一起做飯，平次和柯南便去樓下的白羅咖啡館打發(fā)時(shí)間。二人來(lái)到咖啡店閑聊，隔壁桌是四位來(lái)咖啡館慶生的大學(xué)生。為了一起觀看慶生視頻，其中一名男學(xué)生掏出了筆記本電腦，不料卻在插上電的一瞬間導(dǎo)致總閘跳閘，咖啡店內(nèi)瞬間一片漆黑，并有人發(fā)出一聲慘叫。當(dāng)?shù)陠T急忙重新打開(kāi)總閘時(shí)，眾人卻發(fā)現(xiàn)該名男學(xué)生倒在了血泊之中……

死者被殺時(shí)手里握著剪刀，尸體的傷口處還粘滿了蜂蜜，不僅如此，案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的水龍頭還一直開(kāi)著，柯南和昴確定兇手就是零食店的仙波先生，但他們還一時(shí)半會(huì)兒找不到兇器。在詢問(wèn)了保鏢后柯南有了一些線索，阿笠博士在院子里看到的成群螞蟻也為他們提供了幫助，兇手到底是運(yùn)用了什么手法來(lái)作案的呢？