某個(gè)炎熱的夏日，博士帶少年偵探隊(duì)來到山里采集昆蟲，期間，博士出了一道暗號(hào)讓他們進(jìn)行尋寶，內(nèi)容是“丸蟲、家、帳篷”沒想到這個(gè)暗號(hào)居然難住了柯南。另一方面，在海灘度假的小蘭，打電話給柯南說她們那里發(fā)生了命案，死者是與小蘭住一家旅館的見山，之后，她和園子還遭到了攻擊，而唯一的線索就只有死者留下的一串字母。

柯南，小蘭和園子與本堂瑛祐來到園子的別墅。但路上卻發(fā)現(xiàn)必經(jīng)的吊橋塌了。小蘭等人決定在有人來接他們前先前往附近的別墅休息。屋主槇野純，天堂享，倉本耀治說他們的別墅被詛咒了。這棟別墅最初是一對(duì)富翁兄弟建造的，哥哥說有妖怪從窗外潛入了別墅后便封印了窗戶而次年，哥哥和妻子就相繼去世。之后瑛祐發(fā)現(xiàn)窗子上奇怪的影子，之后眾人發(fā)現(xiàn)了在屋里上吊身亡的倫子！

巡回劇團(tuán)伊東玉之助一座再度來到米花鎮(zhèn)，這次演出的戲碼是《竹取物語》，然而飾演主角輝夜姬的片岡蓮華卻在公演當(dāng)天被人綁架，警察也展開了緊密的搜查，柯南從歹徒傳來的影像中發(fā)現(xiàn)，這一切全都是蓮華一手導(dǎo)演，可是待柯南等人趕到囚禁室時(shí)卻沒有找到蓮華，反而看到斑斑血跡，看來在這之后她真的被人綁架了，與此同時(shí)，舞臺(tái)上的大幕也拉開了。

小五郎一直暗地里跟蹤的人見松一郎，突然在米花飯店墜樓身亡，出現(xiàn)在案發(fā)現(xiàn)場(chǎng)的還有一個(gè)叫南里熏的女人，但她卻十分肯定自己從不認(rèn)識(shí)死者。與此同時(shí)，他的雙胞胎弟弟人見竹彥，也在杯戶鎮(zhèn)的家中被人殺害，并且案發(fā)時(shí)他的妻子加奈子為了調(diào)和兄弟二人的關(guān)系，外出與松一郎會(huì)面。兄弟兩人在同一時(shí)間死在不同的地方，難道這真的是傳說中的心靈相通？

緊張的氣氛不僅圍繞在賽場(chǎng)上，在場(chǎng)下尋找另一支寫有其他線索手機(jī)的柯南、服部和大龍警官也正在絞盡腦汁的破解暗號(hào)，柯南還特意借來小五郎的收音機(jī)以方便了解賽場(chǎng)上的情況，所幸在第二支手機(jī)響起之時(shí)被服部順利找到，可接下來等待他們的卻是另外一組費(fèi)解的數(shù)字，經(jīng)過商量，三人決定分頭行動(dòng)，雖然最終還是找到了第三只手機(jī)，但里面的所留下的線索只有一個(gè)括號(hào)和數(shù)字13，柯南和服部能否解開這個(gè)不同于前兩次的數(shù)字暗號(hào)？